В этом предложении действие, названное оборотом со словами исходя из, не соотносится с действующим лицом, что не предполагает обособления: ...для каждого был разработан свой план интеграции на рабочем месте исходя из индивидуальной программы реабилитации.

Нет, некорректна. Действие, обозначенное деепричастием (размышляя), должно совершаться тем же лицом, которое является подлежащим в главной части предложения. В предложении "в тексте отмечается" подлежащее отсутствует. Возможный вариант исправления: Размышляя об этой проблеме, автор текста отмечает...

Филологические словари фиксируют только прилагательные экзистенциальный и экзистенциалистский.

Большой толковый словарь

«Русский орфографический словарь» РАН фиксирует такие варианты сокращения: филол. – филологический, филос. – философский. В то же время возможны и сокращения к. ф. н. – кандидат филологических наук и кандидат философских наук, д. ф. н. – доктор филологических наук и доктор философских наук.

Здесь действие, названное оборотом исходя из них, соотносится с действующим лицом («мы исходим из целей и планируем задачи»), а потому оборот обособляется: Мы ставим цели на один год и, исходя из них, планируем задачи на каждый квартал.

Если аббревиатура склоняется, то ее род определяется соответственно типу склонения. Аббревиатура ТОР может склоняться как слово второго склонения (ТОРу, ТОРом), соответственно может быть мужского рода (как, например, МИД — министерство иностранных дел; аббревиатура склоняется: МИДом, о МИДе, поэтому это слово мужского рода).

Аббревиатуры могут быть составлены не только из начальных букв слов, но и из начальных букв частей сложного слова, поэтому противоречия нет.

Союз и может входит в состав аббревиатуры (тогда он передается строчной буквой, например: АиФ – «Аргументы и факты», МИСиС – Московский институт стали и сплавов), но может и опускаться.

Это сложное предложение, поэтому необходима запятая перед союзом и.  Что касается оборота с предлогом исходя из, то в данном случае он не соотносится с действующим лицом (подлежащее этой части сложного предложения — существительное решение) и не обособляется: Посмотрите на ситуацию его глазами, и исходя из этого найдётся решение.

Правильно: договоры оформлены на физических лиц. Следует, впрочем, отметить, что наименование физическое лицо может быть уподоблено сочетаниям действующее лицо, должностное лицо, для которых норма допускает изменение по образцу как одушевленных, так и неодушевленных существительных (см., например: Еськова Н. А. Краткий словарь трудностей русского языка. Грамматические формы. Ударение. М., 2014. С. 188). С этим связаны и колебания в образовании формы винительного падежа множественного числа. В речевой практике, однако, решительно преобладает форма винительного падежа, совпадающая с формой родительного.