От имен, оканчивающихся на мягкие согласные, отчества образуются посредством присоединения суффиксов -евич, -евна. Конечный мягкий знак при этом опускается. Правильно: Рамилевич.

В зависимости от общего контекста и ситуации возможны варианты:

1) Это эксперт — биолог Иван Иванов (если требуется поставить логическое ударение на слове эксперт; сочетание биолог Иван Иванов — приложение, которое поясняет, кто выступает экспертом в данном случае);

2) Это эксперт-биолог Иван Иванов (сочетание эксперт-биолог выступает постоянной характеристикой Ивана Иванова).

Иноязычное имя Дэн пишется с э.

Тире нужно поставить.

Словосочетанием принято называть два самостоятельных слова, связанные подчинительной связью (иногда с использованием служебного слова - предлога). Сочетание имени и фамилии, строго говоря, не является словосочетанием.

Примеры подобного рода отсутствуют в справочниках, как представляется, не случайно. В практике письма, если возникает необходимость в дополнительной «порции» слов автора, относящихся к одному и тому же фрагменту прямой речи, эта «порция» оформляется как отдельное предложение, с прописной буквы и с соответствующим порядком слов:

— Я не потерплю в своём доме, — сказала мама, — никаких животных, ни пушистых, ни лысых. — Она презрительно кивнула в сторону кота.

Ваше предположение верно: по имени Валя — приложение. Такие приложения, согласно параграфу 64 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.), обособляются, но могут и, согласно примечанию 1 к этому параграфу, «не обособляться, если они имеют основное, выделительное значение, т. е. не являются уточнением или пояснением впереди стоящего определяемого слова: Завел он себе медвежонка по имени Яша».

Верная пунктуация: Иван Пупкин, главный тренер футбольной команды, дал интервью. Главный тренер команды "Спартак" Иван Пупкин дал интервью.