Союз или уместен между двумя равноправными частями заголовка. В таком случае его следовало бы оформить так (если мы верно понимаем, первая часть заключена в кавычки потому, что представляет собой цитату, а многоточие поставлено потому, что эта цитата оборвана): «На бугре хорошеньких только две...», или Как живет деревня с ласковым названием. В Вашем же случае части неравноправны, у них разная роль в структуре текста, а потому нет необходимости в использовании союза или:

«НА БУГРЕ ХОРОШЕНЬКИХ ТОЛЬКО ДВЕ...»
Как живет деревня с ласковым названием

Необходимость постановки тире зависит от того, как прочитывается сочетание 13 июля. Если подразумевается форма именительного падежа, то оно играет роль подлежащего. Соответственно, сочетание день рождения будет выполнять функцию сказуемого, а между подлежащим и сказуемым-существительным ставится тире: День рождения Андрея — тринадцатое июля. Если подразумевается форма родительного падежа, то сочетание играет роль обстоятельства времени, что не предполагает постановки знаков препинания: День рождения Андрея тринадцатого июля. При этом может быть использовано интонационное тире для указания места распадения простого предложения на словесные группы: День рождения Андрея — тринадцатого июля.

Подлежащее — все они (сочетания местоимений типа всё это, все они и т. п. являются одним членом предложения), сказуемое — входят в семейство (тутовых). Это редкий случай использования глагола входить (в переносном и обедненном значении) в качестве полузнаменательной связки составного именного сказуемого. Основанием для такого решения является синонимичность этой фразы, например, такой: Все они являются тутовыми, где сказуемое являются тутовыми вполне обычное.

Тутовых можно счесть определением к семейству. Но можно считать семейство тутовых и синтаксически цельным словосочетанием, которое является одним — именным — компонентом сказуемого.

Игорь, приведенный Вами пример можно оставить и без частицы НЕ, при этом неоднозначность не исчезнет: Ураган вызвал шторм. Так что такая версия вряд ли обоснованна. Напротив, старая норма предписывала использовать только родительный падеж при отрицании в подавляющем большинстве случаев.

Сама грамматическая проблема выбора падежа довольно сложная, имеет долгую историю. На эту тему существует множество научных исследований. Библиографию можно найти, например, в следующем издании: Граудина Л. К., Ицкович В. А., Катлинская Л. П. Словарь грамматических вариантов русского языка. М., 2008. С. 44-45.

А здесь - о современном употреблении: http://gramota.ru/spravka/letters/?rub=otr

Существительное кирпич может употребляться как конкретное и как собирательное. Ср.: Сверху положили еще один кирпич и Завод выпускает огнеупорный кирпич. В сочетании дом из кирпича второе существительное использовано как собирательное, что соответствует грамматическим законам русского языка.

Существительное бревно – конкретное, поэтому сочетание дом из бревна не соответствует строгой литературной норме. Однако это сочетание стало активно употребляться в профессиональной речи (единственное число используется в значении множественного). Грубой ошибкой его назвать нельзя. 

Подробнее о лексико-грамматических разрядах существительных см. в пособии Е. Литневской. Также см. значения слов кирпич и бревно в «Большом толковом словаре русского языка» на нашем портале.

Использование "вертикального многоточия", как и удвоенного (утроенного) восклицательного знака находится за рамками правил русского правописания. Если Вы используете эти знаки на письме, Вы должны отдавать себе отчет в том, что такие написания не соответствуют письменным нормам русского литературного языка (то же самое касается смайликов и некоторых других небуквенных письменных знаков).

В то же время нарушение норм литературной письменной речи (орфографических, пунктуационных, грамматических) не всегда следует квалифицировать как ошибку. Очень часто это лишь способ воплощения авторского замысла, авторской идеи. В частности, приведенный Вами пример пунктуационного оформления выглядит весьма органичным.

Использование союза и выводит областную газету из числа разных изданий; союз здесь выполняет соединительную функцию: Я работал в разных изданиях и, конечно же, в областной газете, где трудился 12 лет. Если же сочетание в областной газете мыслится как присоединительная конструкция (на что указывает Ваш вариант пунктуационного оформления), то к союзу и нужно добавить в том числе: Я работал в разных изданиях, и в том числе, конечно же, в областной газете, где трудился 12 лет. Областная газета при этом сохранит свою выделенность среди разных изданий благодаря вводному сочетанию конечно же.

В каждом конкретном случае нужно выбирать тот способ записи, который позволит легко найти нужный пункт в источнике. Но для обозначения подпунктов ПДД этот выбор оказывается непростым, потому что в интернет-публикациях правил используются разные способы записи, например: 9.1¹, 9.1(1), 9.1.1. На наш взгляд, предпочтительна запись 9.1¹ (именно так обозначены подпункты в ПДД на Официальном интернет-портале правовой информации). Если нет технической возможности вставить в текст надстрочный элемент (¹), то можно использовать два других способа (9.1(1) или 9.1.1). Запись 9.1 1 неудачна: она может быть воспринята как 9.11. 

Запрета на сочетание глагола применять с существительным требование нет. Исходить нужно из того, какие значения имеет глагол применять/применить в современном русском языке. См.: ПРИМЕНЯТЬ, несов. (сов. применить), что. Использовать, потреблять (потребить) опыт, знания, какие-л. средства, прилагая, приспосабливая их для чего-л., с целью достижения каких-л. результатов, успеха и т.п. [impf. to apply (to), employ, use, put into use or operation; to exert, apply, use (strength, skill, etc.) to gain a desired result]. Этот клей применяют для склеивания изделий из дерева, ткани, кожи и бумаги. Теперь он мог применить свои знания на практике.

Глагол склонить совершенно неуместен при серьезном обсуждении склонения именных частей речи. Предполагаем, что в вопросах он может появляться случайно, по невнимательности авторов. Не исключаем и того, что его могут использовать в игровом ключе, как намеренное отступление от употребления хорошо известных терминов склонять и склоняться. Если остаются сомнения в терминологической корректности чьих-либо высказываний, то, безусловно, стоит обратиться за уточнениями к словарям русского языка. В них дается лингвистическое значение слов склонять и склоняться, в чем можно убедиться, если прочитать статьи и в «Большом толковом словаре русского языка» (гл. ред. С. А. Кузнецов) на нашем портале.