Запятая не нужна.
Правильно с одной точкой: ед./с (с без точки).
В научном тексте оба выражения возможны, однако следует различать выражения по смыслу. В наречном значении 'в окончательном итоге, в завершение' выражения синонимичны. В значении вводного употребляется только в конце концов.
1. Возможны оба варианта. 2. Правильно: арабика.
1. Пробел нужен. 2. Правильно тире без пробелов.
Правильно: ул. Комсомольская, д. 5а, кв. 8. После сокращения с точкой ставится пробел (т. к. слово на этом кончается и дальше начинается новое слово).
Запятая после в том числе в Вашем предложении не нужна.
Корректно с точкой.
Текст подстрочного примечания, как правило, не согласуется с формой поясняемого текста – ведущее слово независимо от падежа поясняемого слова ставят в именительном падеже. Текст примечания, как самостоятельное предложение, необходимо начинать с прописной буквы и в конце ставить точку. Обязательного требования повторять поясняемое слово в тексте примечания нет, но для полноты примечания это имеет смысл сделать. Итак, правильно:
На гаке* было 5 барж.
* Гак – буксирный крюк.
Запятые между прилагательными не нужны.