Верен первый вариант.
Обособлять не нужно. Верно: Имеется в виду в том числе заключение договора.
Противоречие в словарных рекомендациях. Вы правы насчет рекомендаций, которые даны в справочнике Розенталя (допускается склонение только названий на -ия, ея), но вот в «Словаре географических названий» А. В. Суперанской говорится, что в сочетании со словом республика названия республик женского рода обычно склоняются (независимо от окончания): в Республике Колумбии, из Республики Кубы.
Ответы на вопросы № 265817 и 277053 исправлены, чтобы не было противоречия в наших ответах.
Форма винительного падежа: (куда?) в помещение: войти в помещение № 1. Форма предложного падежа: (где?) в помещении: работать в помещении № 1.
Верно: в соответствии с установленным порядком (=в установленном порядке).
Повторять предлог не нужно.
Верно: (где?) в Балабанове, в Ворсине.