Благодарность за "негласно согласные" передадим Максиму Кронгаузу. Спасибо, что Вы с нами!

Лучше так: программа 5-го и 6-го классов.

Вот, что об этом пишет М. А. Штудинер в послесловии к «Словарю трудностей русского языка для работников СМИ» (М., 2016): «Современный русский язык унаследовал из древнерусского языка ударение на окончании в существительных, сочетающихся с числительными два, три, четыре, оба: два часа, два шага, два ряда, две стороны. Это реликтовые формы именительного падежа двойственного числа, воспринимаемые современным языковым сознанием как формы родительного падежа единственного числа. Сейчас варианты с ударением на окончании, как в приведенных примерах, постепенно вытесняются вариантами с ударением на корне. В наибольшей степени это касается словосочетания обе стороны, часто звучащего в информационных программах, но, как правило, произносимого журналистами по-новому – с ударением на корне. Мне кажется, что в данном случае еще можно удерживать старую норму».

Добавим, что в корпусе словаря М. А. Штудинера варианты две стороны и две стороны, обе стороны и обе стороны даны как равноправные, однако для журналистов рекомендовано ставить ударение на окончании.

Верно: Включить в состав фонда сто тридцать два предмета, зарегистрированные в книге учета.

Запятая не нужна.

Да, слово «верхнеуровневый» пишется слитно.
Слово «верхнеуровневый» является прилагательным, образованным от сочетания «верхний уровень». В русском языке подобные сложные слова, образованные из двух самостоятельных слов, связанных подчинительными отношениями, пишутся слитно. 

Правильно: сто девятнадцатый.

Оба варианта верны. Это сочетание может произноситься двояко: с ударением на предлоге в соответствии со старшей нормой или с ударением на существительном в соответствии с младшей нормой.

Корректно: ...более чем 2,7 тысячи работников угольной компании.