Выбор вариант зависит от реальной ситуации: 1. В связи с непрохождением Ивановым А. И. проверки знаний контролера; 2. В связи с непрохождением контролером Ивановым А. И. проверки знаний...
Да, кавычки нужны: обращаться на «вы».
Форма фамилии Данелия в дательном падеже: Данелии.
См. ответ на вопрос № 268618.
Ударение падает на второй слог: отме́рший.
Правильно: запросить информацию у МВД, сделать запрос в МВД.
Сочетания допустимы. При выборе примите во внимание их смысловые отличия. Сочетание с предлогом в способно актуализировать идею условий, в которых проводятся занятия (ср. аналогичные обороты: занятия в аудитории, в учебном классе, в лаборатории). Сочетание с предлогом по может подчеркивать инструментальное предназначение технических средств и компьютерных программ, используемых в условиях удаленного обучения (ср. выражения проводить занятия по видеосвязи, по телефону).
Если ударение падает на я, то окончание дательного падежа -е: Альфия́ — Альфие́.
Согласно «Грамматическому словарю русского языка» А. А. Зализняка, слово кукла в значении 'игрушка' может употребляться и как одушевленное, и как неодушевленное существительное. А вот кукла в значении 'человек' (куклой можно назвать бездушного и пустого человека, а также человека, слепо действующего по воле другого) – только одушевленное.
