В значении 'выполнение работы, связанной с чем-либо, упражнение в чем-либо' правильно: занятия чем-либо, например: свободное время для занятий физкультурой, приступить к занятиям физкультурой. В значении 'учебное время, урок' правильно: занятия по чему-либо, например: расписание занятий по физкультуре, освобождение от занятий по физкультуре. Вариант для занятий физкультуры неправильный.
Причастие и деепричастие - это разные части речи (или, иначе, разные глагольные формы). О различиях между причастием и деепричастием можно прочитать в учебном пособии Е. И. Литневской на нашем портале: http://www.gramota.ru/book/litnevskaya.php?part4.htm#i7 (Нужно пролистать страницу до разделов "Причастие" и "Деепричастие").
Это непростой вопрос. Терминологически точно сочетание ударный (безударный) гласный, так как ударным может быть только звук, а не буква. Но выражение ударная (безударная) гласная используется в научной и учебной литературе как заменитель длинного и неудобного, хотя и терминологически безупречного, оборота буква, обозначающая ударный (безударный) гласный звук.
Кавычки не нужны.
Запятая поставлена верно. Но и ее отсутствие не будет ошибкой: обособление оборотов с предлогом благодаря факультативно.
Термин вал — один из важных в описании двигателя. В учебном пособии А. М. Гуревича «Тракторы и автомобили» (1983) читаем: «От коренных шеек через каналы в коленчатом валу масло направляется в полость шатунных шеек, а из них — к шатунным подшипникам». Как представляется, пример нагляден.
Знак мягкости ставится, чтобы показать качество звуков: [ч'], [щ'], [й']. Обычно это делают в учебной литературе для наглядности. Однако есть и другой подход: мягкость не показывают, поскольку у звуков [ч], [щ], [й] нет твердых пар, а значит, обозначение мягкости избыточно. Такой подход применим в текстах для читателей подготовленных, твердо знающих о качествах звуков русского языка.
О студентах университета можно сказать «обучающиеся». Употребление слова «учащиеся» также не будет некорректным.
Единого ГОСТа оформления учебных пособий не существует. Правила определяются внутри редакционно-издательского отдела учебного заведения.