Корректная пунктуация: Разработать и не позднее 10 июля 2020 года опубликовать комплекс мер по изменению условий проведения конференции, позволяющих упростить отдельные организационные процедуры, снизить затраты на их подготовку и избежать причинения возможного вреда здоровью участников.

Для вводных слов, стоящих в начале или в конце обособленного оборота, действительно есть особое правило. Оно изложено в параграфе 93 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.). По этому правилу знаки препинания в предложении должны быть расставлены так, как в материалах, на которые Вы ссылаетесь: Посреди поляны росло большое дерево, судя по всему вяз. 

О нерусских фамилиях, относящихся к двум и более лицам, правомерна следующая рекомендация: возможно употребление фамилии как в единиственном, так и во множественном числе без какой-либо градации сопровождающих их слов на термины родства, имена, инициалы и т. п. Иначе говоря, корректны оба варианта: Баскуньян продали формулу крема и все наработки по муцину и Баскуньяны продали формулу крема и все наработки по муцину. 

Когда сноска относится к словосочетанию, а не ко всему предложению, логично будет поставить знак сноски непосредственно после словосочетания, к которому она относится, то есть перед многоточием: Увидел человеческую голову с длинной косой¹… 

В примере из справочника Д. Э. Розенталя глагол побежал обозначает действие, не сопровождающее слова, а следующее после того, как они были сказаны. В Ваших же примерах говорится о мимических и прочих движениях, обычно сопровождающих речь, неотделимых от нее, поэтому рекомендуем оформить их как обычные конструкции с прямой речью, выдвинув глагол в начальную позицию:
— Ирина, вы рассержены? — нахмурил он лоб.
— Придётся брать наугад, — вздохнул он с преувеличенной досадой.
См. также ответ на вопрос № 326441.

Глагол ударить образован от непроизводного в современном языке слова удар. Это слово является непроизводным потому, что мы не можем дать ему толкование через другое однокоренное слово с более простым морфемным составом, не можем определить значение гипотетически выделяемой приставки у- и подобрать слова, построенные по той же словообразовательной модели.

Этимологически, по данным словаря М. Фасмера, слово удар связано с деру́, драть, раздор.

Слово вдарить является просторечным вариантом глагола ударить, в словарях не фиксируется. Корень и приставка в этом слове тоже не выделяются.

1. Оба варианта возможны. Существительное инструмент в ед. ч. может выступать как собирательное.

2. Вот значения слов в толковых словарях:

ПРОКАТ, -а; м.
Предоставление чего-л. во временное пользование за определённую плату; само пользование чем-л. предоставленным. Ателье проката. Взять велосипед на п. Внести плату за п.

АРЕНДА, -ы; ж. [польск. arenda].
1.
Временное пользование недвижимым имуществом на договорных началах за соответствующую плату. Долгосрочная а. А. земли, помещения. Брать, сдать в аренду. На аренде кто-л. (разг.).
2. Разг.
Плата за такое пользование. Вносить, платить аренду. Снизить аренду. < Арендный, -ая, -ое. А. договор. А-ая плата.

Порядок разбора слова по составу хорошо описан и проиллюстрирован в пособии Е. И. Литневской. Формообразующие морфемы выделить достаточно легко, если опираться на знания о формообразовании глагола (см. главы об инфинитиве и спряжении). В приведенных Вами словах есть одна трудность: в формах глагола взять происходит чередование: взя // возьм (ср., например, взять, взял, возьму, возьмет, возьми).  Оно объясняется историей слова. Глагол взять образовался с помощью приставки, которая сейчас имеет форму воз- (вз-), и корня со значением 'брать', следы которого мы находим во множестве других слов современного русского языка, например: иметь, принять, внимание.