Поскольку депо и вагонное, и паровозное (то есть основы, из которых образовано сложное прилагательное, обозначают равноправные понятия), корректно дефисное написание: вагонно-паровозное депо.
Запятые в предложении не требуются.
Да, тире необходимо.
Первое сочетание возможно в таком контексте: Не надо ждать летних месяцев, т. е. 'не надо ждать, когда наступит лето’. Сочетание не надо ждать месяцы имеет значение 'не надо ждать долго'.
См. в Горячей десятке вопросов.
Нет, кавычки не нужны.
Лучше расположить в таком порядке: командир отделения капитан И. И. Иванов.
Воинские звания, стоящие непосредственно перед фамилией, не являются однородными по отношению к предшествующим приложениям: командир соединения капитан 2-го ранга Е. Л. Леонов; профессор, доктор технических наук генерал-майор С. Г. Сорокин; Герой России, лётчик-испытатель 1-го класса, кандидат технических наук полковник Н. Н. Иванов.
Но: полковник медицинской службы, член-корреспондент АМН, профессор И. П. Петров — распространенное приложение, обозначающее воинское звание, не стоит непосредственно перед фамилией.
