Постулат «после а, но, однако ставим запятые» неверен: постановка запятых обусловлена не самими этими словами, а синтаксическим строем предложения. Сами по себе союзы а, но и однако (в значении 'но'), стоящие в начале предложения, не требуют постановки после себя запятой. В приведенном Вами предложении запятая после но не нужна. Ср.: Но, подумав еще раз, он понял, что был неправ – запятая после но ставится, но не из-за этого слова, а из-за того, что далее следует деепричастный оборот.

После междометия однако, стоящего в начале предложения и выражающего возмущение, удивление и иные эмоции, запятая ставится: Однако, каков мерзавец!

Это весьма спорный вопрос. Никакой грамматической необходимости в постановке этой запятой нет. Однако она ставится по традиции, заимствованной из образцов англоязычной переписки. Необходимость постановки какого-либо знака в этой фразе ощущается носителями русского языка интуитивно, поскольку она по сути представляет собой неполное предложение, которое может быть развернуто, например, так: С уважением относящийся к Вам NN (в позапрошлом веке она звучала более витиевато и представляла собой полное предложение: Примите уверение в моем совершеннейшем к Вам почтении. NN).
В ситуативно неполных предложениях (которые, кстати, становятся все более употребительными в современной разговорной речи) обычно на месте пропуска значимых членов предложения ставится тире. Однако, поскольку выражение типа "С уважением NN" применяется исключительно как этикетная формула эпистолярного стиля, традицией стало графическое отделение частей такого предложения, что вполне заменяет собой знак препинания (то есть тире, но не запятую, которой в этой конструкции нечего отделять или выделять). Можно перенести подпись на строчку ниже или разместить фразу слева, а Вашу подпись справа на странице, например:

С уважением

                                                                                  Екатерина Михайлова

См. в современных справочниках по делопроизводству или культуре письменной речи, например: Культура устной и письменной речи делового человека. Справочник-практикум. — М.: Флинта: Наука, 2000.

ИДЕНТИЧНЫЙ, -ая, -ое; -чен, -чна, -чно. [от лат. identicus] (кому-чему). Книжн.
Полностью совпадающий с кем-, чем-л. или точно соответствующий кому-, чему-л.; тождественный. И. текст. И. перевод. Формулировка, не идентичная книжной. < Идентично, нареч. Мы думаем совершенно и. Идентичность, -и; ж. И. мнений.

ОДИНАКОВЫЙ, -ая, -ое; -ков, -а, -о.
Совпадающий, сходный с кем-, чем-л.; ничем не отличающийся от кого-, чего-л. О-ая высота, длина, протяжённость. Оба брата одинакового роста. У нас о-ые костюмы. Выполняли одинаковую работу. У обоих собеседников возникло о-ое подозрение. Наши судьбы оказались на удивление одинаковыми. Не обязательно придерживаться одинаковых взглядов. Все дети кажутся одинаковыми лишь на первый взгляд. < Одинаковость, -и; ж.

Использовать ли в качестве вставной конструкции восклицательный и (или) вопросительный знаки, передающие отношение автора к высказанной мысли или ее оценку (удивление, недоумение, одобрение, сомнение, иронию и др.), — зависит от решения автора. 

Согласно правилам взаимодействия знаков препинания, точка, вопросительный и восклицательный знаки в предложении со вставной конструкцией в конечной позиции ставятся после закрывающей скобки, если относятся ко всему предложению в целом (см. пункт 4 параграфа 158 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина). Значит, если автор решил использовать в качестве вставной конструкции восклицательный знак, комментирующий, очевидно, слово трое, точку после скобки нужно поставить.

Разрядка как нешрифтовой прием выделения существует, но уместна она далеко не всегда. Вот что написано о разрядке в «Справочнике издателя и автора» А. Э. Мильчина, Л. К. Чельцовой: «Прием подходит для скрытых в тексте заголовков, логических усилений, мнемонически-справочных и структурных выделений отдельных слов и словосочетаний, когда нужно разнообразить приемы, по-разному оформляя различные виды выделений. Многие художники-оформители считают, что разрядка снижает качество набора полосы, ухудшает общее впечатление от нее, и предпочитают ей шрифтовые приемы выделения. При большом числе выделений разрядкой многословных сочетаний она снижает не только удобочитаемость текста, но и емкость печ. листа». Видимо, в силу этих причин разрядку используют всё реже.

Слово конечно в этом предложении является вводным. Вообще, случаи, когда оно не вводное, редки. Так, в параграфе 96 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина приведен единственный пример: Вы конечно же прочитаете эту книгу («обязательно», значение усиления). В «Справочнике по пунктуации» отмечается: «При употреблении в ответной реплике, произносимой тоном уверенности, убежденности, слово «конечно» может не обособляться: «Это правда?» – «Конечно правда!» Как видим, слово конечно бывает невводным, когда оно несет на себе фразовое ударение в высказываниях, произносимых тоном подчеркнутой уверенности, убеждености.

О существовании "специального фонетического шрифта" нам увы, ничего не известно. (Даже если он существует, то не должен называться "фонетическим".)

Можно воспользоваться следующими кустарными приемами (при работе в MS Word): 

1. Цифры должны располагаться на строке над размечаемым текстом. С помощью пробельной клавиши сдвигаем цифру до нужного места, затем выделяем верхнюю строчку (с цифрами) и назначаем кегль помельче. Далее выделяем обе строки и через меню «Абзац» устанавливаем минимальный межстрочный интервал — так, чтобы цифра была как можно ближе к букве, над которой она должна располагаться, но чтобы верхняя часть букв нижней строки не была срезана. Выбираем подходящий вариант методом проб и ошибок. Учитываем, что при уменьшении кегля цифры сместятся влево, корректируем это смещение.

2. Используем меню «Вставка» — «Надпись». В квадратике вставляемой надписи набираем нужную цифру, затем перемещаем надпись туда, куда нужно. Это удобно в том отношении, что надпись действительно можно переместить куда угодно. Не забываем отформатировать надпись так, чтобы ее границы были скрыты.

В обоих случаях при окончательной редакции файла нужно обязательно следить за тем, чтобы ничто никуда не «съехало». Особенно перед печатью. Кстати, перед печатью и/или пересылкой удобно сохранить вордовский файл в формате *pdf, тогда точно ничто не съедет.

О таких случаях речь идет в справочниках, например в параграфе 97 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина: «Скобками выделяются вставные конструкции, в качестве которых используются знаки восклицательный или вопросительный, передающие отношение автора к высказанной мысли или ее оценку – удивление, недоумение, одобрение, сомнение, иронию и др.: За свою жизнь отец с ребятишками окольцевал более пятидесяти тысяч (!) разных птиц (газ.); Если приверженцы гомеопатии верят, что децилионная часть одной пылинки ревеня или белладонны может произвести переворот в теле человеческом, почему же не поверить, что одна кроха философии (?) может зародить идеи в голове (??!!)  (Белин.)».

В словарях русского языка у слова амбиция отмечаются следующие значения: 1) обостренное самолюбие, спесивость, чванство, тщеславие; 2) (во мн. ч.) претензии, притязания на что-либо. Последнее значение снабжено пометой "неодобр." (то есть "неодобрительно"). В то время как английский аналог – ambition – толкуется словарями значительно шире: наряду со значением "честолюбие, тщеславие" выделяются "цель, предмет желаний" и "трудолюбие, активность". Англ. ambitious – "честолюбивый, стремящийся, претенциозный".

Таким образом, носитель русского языка, обращающийся к словарям, может истолковать словосочетание амбициозные цели как «честолюбивые цели» или «тщеславные цели». Мы сомневаемся, чтобы президент, отвечая на вопросы журналистов на Большой пресс-конференции, имел в виду именно такое толкование. Правильнее было бы предположить использование заимствованного слова в том значении, которое отсутствует в литературном русском языке. Такое явление называется семантической калькой.

Семантические кальки могут быть удачными и неудачными. В данном случае амбициозные задачи – неудачная семантическая калька, именно потому, что слово амбициозный в русском литературном языке имеет негативные коннотации.