В этом предложении фраза «после урагана» является обстоятельством времени, которое относится только к первой части сложносочинённого предложения (наступил штиль). На разновременность действий указывает разный вид глаголов наступил и поднимался. Поэтому запятая нужна: После урагана наступил штиль, и чёрный дым поднимался к безоблачному небу, бросая на воды океана огромную тень в несколько километров.

Чередование а/о, связанное с суффиксом -ива-/-ыва-, — особый вид чередования, встречающийся во многих корнях. Удобнее не перечислять эти корни, а описывать как единую группу корней с ограничением на проверку. Так было в правилах 1956 года, такое описание и в современных правилах.

Есть прилагательное читаный и причастие читанный, ничего не менялось. См. также данные ресурса «Проверка слова». 

Прилагательное многовидовой в нормативных орфоэпических словарях не представлено, однако в них есть слово видово́й, ударение в котором падает на последний слог, в том числе и в случае, когда прилагательное образовано от существительного вид в значении  'разновидность, тип'. В слове мно̀говидово́й основное ударение падает на последний слог, а побочное — на первый. 

Предложение можно понять по-разному. Можно отнести обстоятельство внезапно только к первой части сложносочиненного предложения, в пользу чего говорит совершенный вид глаголов-сказуемых, — в этом случае запятая нужна. Однако разная семантика частей, в первой из которых речь идет о звуках, а во второй о свете, позволяет допустить одновременность описываемых событий — в этом случае запятая не нужна. 

Источники вас не обманывают. Деепричастие не отдельная часть речи, а особая форма глагола. Переходность — неизменяемый признак глагола (как, например, и вид), и он присущ всем его формам, в том числе особым — причастиям и деепричастиям. Именно поэтому, например, переходный глагол способен управлять прямым дополнением в В. п. без предлога независимо от того, в какой форме употреблен сам глагол:

читать книгу, читаю книгу, читал бы книгу, читающий книгу, читая книгу...
 

Совершенный вид глаголов-сказуемых говорит о том, что описываемые события происходили не одновременно, а последовательно, а кроме того — неясно, ожила ли древняя земля именно в 1999 году или это произошло чуть позже. Учитывая сказанное, рекомендуем поставить запятую: В 1999 году в монастырь вернулись монахи, и древняя земля ожила. Для подчеркивания быстрой смены событий можно использовать тире: В 1999 году в монастырь вернулись монахи — и древняя земля ожила.

Слова «тутовник» и «шелковица» являются синонимами, так как оба они обозначают один и тот же вид дерева - Morus nigra, которое также известно как «тутовое дерево» или «шелковичное дерево». Это дерево получило свое название из-за того, что его листья являются основным источником питания для шелкопряда, личинки которого используются в производстве шелка. В разных регионах России и странах СНГ это дерево могут называть по-разному: тутовник, шелковица, тютина.

Орфография – это правила написания слов, грамматика – формальный строй языка: система способов словообразования, морфологических категорий (род, число, падеж, вид время, наклонение и др.) и синтаксических конструкций. Соответственно орфографические ошибки – это неправильное написание слов (карова, серебреный, мыш, Ньюйорк), а грамматические ошибки – это неправильное образование и употребление слов (пирожки с повидлой, поехать на метре, в двухтысяче седьмом году, старше него), а также неверное построение словосочетаний и предложений (на картине нарисовано лес и береза, заведующий кафедры).