1. Это глухой согласный звук.
2. Произношение jе встречается в начале слова, перед гласной и после разделительного твердого или мягкого знака.
Норма допускает оба варианта, сравним примеры из пункта 4 параграфа 211 справочника под ред. Д. Э. Розенталя: две тысячи рублей, взятых взаймы – десять тысяч рублей, взятые у сестры (Л. Толстой). В современных текстах чаще встречается первый вариант согласования причастного оборота с определяемым словосочетанием «числительное + существительное».
Знак мягкости ставится, чтобы показать качество звуков: [ч'], [щ'], [й']. Обычно это делают в учебной литературе для наглядности. Однако есть и другой подход: мягкость не показывают, поскольку у звуков [ч], [щ], [й] нет твердых пар, а значит, обозначение мягкости избыточно. Такой подход применим в текстах для читателей подготовленных, твердо знающих о качествах звуков русского языка.
Заударный гласный обозначается как редуцированный (обозначение через Ь корректно).
В слове ага на месте буквы Г произносится звук [г] длительный, образующийся так же, как [х], но с голосом (этот звук также называют фрикативный [г]).
Запятая не нужна: оборот с союзом как играет роль сказуемого.
Правильно: не выговаривает звука "р". Буква — знак письменной речи, а следовательно, буквы пишут, но не произносят.
