Запятую ставить не нужно, слова "в то же время" избыточны.

Да, понятия фонетический слог и слог для переноса не всегда совпадают. Удвоенные согласные, входящие в корень или образующие стык корня и суффикса, разбиваются переносом, хотя входят в один фонетический слог.

Фонетический слог надо отличать от слога для переноса. Хотя в большом числе случаев перенос осуществляется в месте слогораздела, в ряде случаев слог для переноса и фонетический слог могут не совпадать. Подробнее см. в пособии Е. И. Литневской.

Да, фонетический слог надо отличать от слога для переноса. Речь в предыдущем вопросе шла именно о переносе слова. Определение границ слога – проблема фонетики, а правилами переноса занимается орфография. Конечно, в большом числе случаев перенос слов осуществляется в месте слогораздела, но в ряде случаев слог для переноса и фонетический слог могут не совпадать. Например, по правилам переноса следует разделить одинаковые согласные буквы: ван-на, кас-са; граница же фонетического слога проходит перед этими согласными.

Но и на вопрос, как разделить на слоги слово морковь, нет однозначного ответа. Слогоделение – одна из главных проблем слога в русском языке, и в лингвистике есть несколько концепций. По одной из них, в русских словах слогораздел во всех случаях (кроме сочетаний с j) проходит после гласного (мо-рковь). По другой, если после непарных звонких ([л], [л'], [м], [м'], [н], [н'], [р], [р']) следует парный по глухости / звонкости согласный, граница слогов проходит между согласными (мор-ковь). Конечно, учитель или учебник могут следовать первой концепции, но слогоделение согласно второй концепции точно нельзя считать ошибкой. Повторим, вопрос этот в современной науке о языке дискуссионный.

Звуко-буквенный анализ в разных классах начальной школы, фонетический анализ в средней школе и фонетический анализ в вузе имеют свои особенности и проводятся с разной степенью подробности, но всегда наблюдения и рассуждения идут от звучания к графической записи, а не наоборот. Эта методика правильная, потому что цель этого типа анализа — развитие фонетического слуха и получение сведений о звуковой системе языка. Неслучайно, самый простой тип фонетического анализа называется звуко-буквенным, а не буквенно-звуковым.

Общая логика анализа закладывается в первом классе начальной школы.

 Для примера приведем образец рассуждения учащегося первого класса начальной школы при проведении звуко-буквенного анализа слова ель:

1 этап: звуковой анализ.

Произнесение слова: [j э л’].

Анализ слова: один слог.

Произнесение слова с выделением (протягиванием) первого звука в слове: [jjj э л’].

Анализ первого звука: первый звук [j] — согласный, звонкий, мягкий.

Произнесение слова с выделением (протягиванием) второго звука в слове: [j эээ л’].

Анализ второго звука: [э] – гласный.

Произнесение слова с выделением (протягиванием) третьего звука в слове: [j э л’л’л’].

Анализ третьего звука: [л’] – согласный звонкий, мягкий.

2 этап. Звуко-буквенный анализ.

Анализ: [j] вместе со следующим гласным [э] обозначаются одной буквой Е (указывается буква около соответствующих звуков).

Анализ: [л’] обозначается буквой Л (указывается буква).

Анализ: мягкость согласного [л’] на конце слова обозначается буквой Ь (указывается буква).

3 этап.

Читаем, что получилось: ЕЛЬ.

Фонетический принцип действует и здесь: пишем, как слышим.

Такой слогораздел тоже возможен. При этом различают фонетический слогораздел и слогораздел для переноса слов.

Варианты разбора слова приведены в учебнике Е. И. Литневской (фонетический, морфемный и т. д.).

Фонетический слог и слог для переноса – разные понятия. Подробнее см. в пособии Е. И. Литневской.