Оба варианта правильные.
Верны варианты расстановки запятых: Хранилище ключей необходимо для того, чтобы хранить сертификаты и ключи, которые используются при формировании подписи запроса и Хранилище ключей необходимо, для того чтобы хранить сертификаты и ключи, которые используются при формировании подписи запроса.
Выбор варианта зависит от намерений говорящего: в первом варианте подчеркивается причина необходимости создания хранилища, во втором же — сама необходимость создания хранилища.
Запятая ставится.