Кавычки уместны, особенно если указываются версии программы, например: «1С:Бухгалтерия 8», конфигурация «1С:Бухгалтерия УСН 7.7» и т. д. Кавычки подскажут читателю, что вся эта последовательность цифр, букв и слов составляет одно название. Если просто употребляется обозначение 1C, то в принципе можно обойтись без кавычек: программа 1С. Но если название 1С используется в тексте наряду с более сложными обозначениями, то для единообразия корректно и его заключать в кавычки.
Правильно: ОАО «АК "Транснефть"».
Название склоняется.
Вы расставили знаки верно.
Предпочтительно использовать кавычки разного рисунка: АО «МТЗ “Трансмаш”». Вариант АО «МТЗ «Трансмаш» допустим, если нет технической возможности использовать кавычки разного рисунка. Написание МТЗ «Трансмаш» верно.
Верно: Причитает: «ах» да «ах».
В художественной литературе встречается также написание без кавычек. Например, у Достоевского: Вот эта умнее всех спросила, а то: ах да ах!
Дополнительных знаков препинания не требуется.
Постановка запятой не требуется.
