Географические названия в сочетании со словом озеро обычно не склоняются. Корректно: на берегу озера Наговье.
Да, склонение корректно. Географические названия, имеющие форму полного прилагательного, обычно согласуются с родовым словом.
Запятая после князем нужна.
Простая сравнительная степень от этого прилагательного не образуется.
Корректно: ...учреждению Великого Новгорода. В канцелярской речи: ...города Великого Новгорода.
Выражение жизнеспособно, но не в канцелярском стиле.
Правильно: период Великих географических открытий.
По общему правилу названия должностей, званий, титулов пишутся со строчной буквы: король польский, великий князь литовский. Прописные буквы возможны в стилистических целях (например, если в историческом романе будет воспроизведена ситуация официального титулования).
