Да, запятая нужна, так как нужно закрыть придаточное предложение.

Как правило, компетентность употребляется в единственном числе. А что имеется в виду под компетентностью в приведенном примере?

Вы совершенно правы!

Запятая перед тире в данном предложении не нужна. Достаточно одного знака. Можно поставить только запятую (без тире) или только тире (без запятой).

Указанная запятая нужна.

Запятую ставить не нужно. При интонационном выделении возможна такая расстановка знаков препинания:

Школа в принципе готова принять - и принимает - формирование творческих способностей в качестве заказа.

Предложение построено неудачно. Союз в том числе (и) употребляется для присоединения слов, использующихся для обозначения, выделения человека или предмета, на которые среди прочих (прочего) распространяется сказанное в предыдущей части. В Вашем предложении этой самой предыдущей части нет. Ср. правильно построенные предложения с данным союзом:

Пришли все, в том числе и Мухин.

Многие сотрудники, в том числе Александр, сейчас работают дома.

В строгом смысле человек десять, в том числе и я, не стоили этого назначения.

Приведем некоторые варианты исправления: Задачей Фонда в числе многих других является формирование моральных ценностей человека. Одной из задач Фонда является формирование моральных ценностей человека.

Верны варианты расстановки запятых: Хранилище ключей необходимо для того, чтобы хранить сертификаты и ключи, которые используются при формировании подписи запроса и Хранилище ключей необходимо, для того чтобы хранить сертификаты и ключи, которые используются при формировании подписи запроса.

Выбор варианта зависит от намерений говорящего: в первом варианте подчеркивается причина необходимости создания хранилища, во втором же — сама необходимость создания хранилища. 

По общему правилу обособление оборота с предлогом наряду с... факультативно или зависит от условий контекста. В конце предложения этот оборот чаще не обособляется. В данном контексте можно усмотреть пояснительный или присоединительный характер этого оборота. В таком случае его желательно отделить с помощью тире: Казань также вошла в тройку лидеров по числу ранних бронирований на Новый год — наряду с Санкт-Петербургом и Москвой.

Запятая после компетентности нужна.