Самое простое действие для начала — заглянуть в толковый словарь русского языка и уточнить, как употребляется прилагательное закрытый, может ли оно использоваться в таком значении, какое ему приписывает автор? Фразы закрытый от волн / чужих глаз / посторонних могут выражать идею защиты. Фразы закрытый для посещения / иностранцев / для всех видов транспорта могут сообщать об избирательной предназначенности.

Приведенного Вами контекста теперь достаточно, чтобы ответить на вопрос. Поскольку во второй части предложения есть соотносительное слово то, запятая между что и если не ставится: ...понял, что если ему удастся спасти Источник (...), то, пожалуй, всё здесь со временем придёт в норму...

Слова тем не менее вводными не являются. О пунктуационном оформлении этих слов см. в «Справочнике по пунктуации». 

В таких случаях всё зависит от общего контекста и связанного с ним  авторского замысла. Обособление имени собственного придает ему характер попутного замечания. Так, в предложении Жена Михея, Дарья, жила с нашей матерью на квартире хозяина Михея обособление имени собственного Дарья показывает, что имя жены Михея совершенно неважно для общего понимания ситуации. То же и в других приведенных примерах.

Если последний член ряда однородных членов предложения присоединяется союзами и, да, или, то запятая перед ним не ставится: Когда солдат во время войны попадал на фронт, ему выдавали медальон, внутри которого нужно было спрятать два заполненных документа с фамилией, именем и отчеством, датой и местом рождения и информацией о родственниках, которым нужно сообщить в случае смерти бойца.

Согласно справчнику Д. Э. Розенталя, «обычно в этих случаях именительный падеж указывает на устойчивый признак предмета, на постоянно присущую ему качественную характеристику, а творительный падеж указывает на временный признак». То есть в данном случае предпочтительно: Людмила Васильевна была не просто учителем, но и исследователем, инженером, психологом, публицистом.

Однако это разграничение не всегда последовательно, и первый вариант также нельзя назвать полностью ошибочным.

Частица бы здесь не нужна: несмотря на то, что человека уже нет на этом свете, 60 лет со дня его рождения все равно исполнится (так же как исполнится и 100 лет со дня рождения, и 200 лет со дня рождения, и 500 лет со дня рождения). Частица бы употребляется, когда об ушедшем человеке говорят, что в этот день ему исполнилось бы 60 лет.

Подлежащее — кто-то добрый. Прилагательное образует с местоимением синтаксически нечленимое словосочетание, потому что местоимению в принципе несвойственно присоединять определения (какой кто-то?; какая она? — звучит странно, если не воспринимать вопрос как вопрос к сказуемому). Не случайно создатели забавного фильма «Гадкий я» дали ему такое странное название (во всяком случае, в отечественном прокате): своей аграмматичностью оно сразу привлекает внимание.

А как в паспорте у выпускника – Махамад или Махамадович? Написание в документах должно соответствовать написанию в паспорте.