В этом случае необходимо тире с пробелами согласно правилам координации: мужчина — профессиональный бодибилдер. См. пункт 1 параграфа 154 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

Писать в значении 'создавать произведение живописи' – это не профессиональный жаргонизм, это стилистически нейтральное, общеупотребительное слово литературного языка. Рисовать же касается не только графики, рисовать – это изображать, воспроизводить предметы на плоскости (карандашом, пером, углем, красками и т. п.). Корректно писать картину и рисовать картину, писать акварелью и рисовать акварелью.

Сложносокращенные существительные нужно писать слитно. Однако заметим, что в русском литературном языке часть про- не употребляется как сокращение от слова профессиональный, она осознается (и закреплена в словарях) как приставка. У человека, незнакомого с игровым сленгом, слова типа прогеймер будут ассоциироваться со словами, в которых приставка про- указывает на ориентированность, приверженность кого-, чего-либо определенным политическим, религиозным, философским и т. п. взглядам, течениям, организациям (промодернист, просоциалист, профашист). Как сокращение от слова профессиональный в русском языке употребляется часть проф-, ср.: профориентация, профосмотр, профпатолог, профпригодность, профсоюз. Недавно появились слова с вполне понятной частью профи-: профи-клуб, профи-спорт.

Вы корректно расставили знаки препинания в предложении.

После русских приставок, кончающихся на согласный (кроме приставок сверх- и меж-), пишется ы и не пишется и. Происхождение слова в данном случае не имеет значения. Например, к латинским словам, образованным с помощью приставки in-, восходят слова интеграл, инерция, но правильно только безынтегральный, безынерционный. Орфографически верен только один вариант слова, о котором идет речь: безынтерфероновые.

Надо сказать, что в практике письма до принятия в 1956 году действующих правил правописания существовали значительные колебания в словах типа безынтерфероновый. Боролись две тенденции: сохранять единство корня и писать после приставок не ы, а и (такие написания были особенно характерны для терминологической лексики) и после русских приставок писать ы в соответствии с произношением. Задача унификации написаний, устранения орфографического разнобоя была решена в пользу последней тенденции. Однако, несмотря на принятие правила, по которому и разрешалось писать только после заимствованных приставок и которому в целом печать стала следовать, в профессиональном языке сохранялись отдельные написания типа безинтерфероновый. Язык словно сопротивлялся волевому решению лингвистов. В 1964 г. в проекте реформы орфографии был пункт о разрешении двояких написаний и/ы после приставок на согласный. Однако общество резко отвергло реформу, в том числе предложение о вариативных написаниях. Поэтому правило продолжает действовать, хотя язык, что хорошо видно из Вашего примера, продолжает сопротивляться принятому правилу. 

Выражение "углубление знаний" вполне корректно, а вот оборот "знания по работе с... системами" не годится.