Нетрудно предположить, почему предложения с таким набором последовательных придаточных частей считаются грамматически некорректными. Если в случае с синицей и пшеницей очевидно, что в чулане хранится не синица, то в других высказываниях эта предметная, а следовательно содержательная, ясность может отсутствовать и приводить к неточному, искаженному толкованию или даже к невозможности однозначно интерпретировать смысл сказанного. Другой аргумент кроется в ответе на почти риторический вопрос: нужна ли автору текста подобная грамматическая однотипность, если в русском языке есть иные конструкции, имеющие определительное значение?

Ведущий принцип русской пунктуации — синтаксический (формально-грамматический): знаки препинания отражают прежде всего структуру предложения. Вообще говоря, поскольку интонация (те самые «паузы и ударения» из Вашего вопроса) тоже связана со структурой предложения, знаки препинания часто передают и интонацию. Однако если синтаксический принцип вступает в противоречие с интонационным, побеждает синтаксический. Следовательно, запятая после союза как нужна, даже если на этом месте при чтении нет паузы: это часть парной запятой, выделяющей вводную конструкцию я думал: Всë оказалось не так, как, я думал, окажется. 

Сделаем проверку, изъяв вводную конструкцию из предложения: Всë оказалось не так, как окажется. Структура действительно не нарушена, с формальной точки зрения это правильно построенное предложение. Правда, с точки зрения смысла это предложение дефектно, и если нет задачи передать чьи-то слова без изменений, то предложение нужно отредактировать. Проще всего это сделать путём вычеркивания слова окажется. Тогда я думал будет уже не вводной конструкцией, а придаточной частью сложноподчиненного предложения, то есть займет то место, которое до редактирования занимала словоформа окажется: Всë оказалось не так, как я думал. 

Вводные слова обособляются независимо от их позиции в предложении. В приведенном примере слово наверное  выражает неуверенность говорящего и является вводным.

Общую рекомендацию дать нельзя. Выбор написания будет предопределяться в каждом конкретном случае контекстом: в одном случае переводная фраза может осмысляться как название, в другом — как толкование значения. В первой приведенной Вами фразе видится возможным двоякое осмысление и, соответственно, написание: Японию часто называют Land of the Rising Sun — Страна восходящего солнца (название) и Японию часто называют Land of the Rising Sun — «страна восходящего солнца» (= что означает...). Во втором примере вводится переводное название, которое оформляется кавычками: американская компания Apple (в переводе — «Яблоко»). 

Специальных правил пунктуационного оформления сопоставительных сложносочиненных предложений, во второй части которых глагольное сказуемое заменяется словом нет (скажем, в данном случае нет = не выдыхаемся), в справочниках не приводится. Тире представляется уместным, поскольку оно 1) подчёркивает параллелизм строения двух частей, 2) сигнализирует о своеобразной неполноте второй части, в которой сказуемое формально есть, но выражено словом-заместителем. Параллелизм строения предложений часто коррелирует с их неполнотой и способствует постановке тире в них, как показывают примеры в параграфе 6 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя. 

Слова безынтересный, но дезинфекция пишутся по правилу. По тому же правилу корректно и безынфляционный. В новых словах с иностранными корнями и часто не меняют на ы, потому что очень силен основной принцип русской орфографии, по которому мы стремимся сохранять буквенный облик морфемы.

Корректно: салат с вологодской уткой.

Между цифрами ставится тире без пробелов: 2–3, 20–30. Если числа обозначены словами, то есть два варианта. Если между словами можно вставить или, пишется дефис без пробелов: два-три (два или три). Если можно заменить на от... до. ставится тире с пробелами: четыре – шесть (от четырех до шести). В случае с соединительным тире (например, поезд Москва – Одесса) ставится тире с пробелами.

При оформлении библиографии и библиографических ссылок по ГОСТам нужно учитывать, что в библиографической записи пунктуация имеет две функции — обычных знаков препинания и так называемых знаков предписанной пунктуации. Последние служат для распознания отдельных областей библиографических описаний при традиционной и автоматической обработке данных.

В качестве знаков предписанной пунктуации используются обычные знаки препинания и математические знаки (двоеточие, косая черта, сочетание точки и тире, знак равенства и др.). До и после предписанного знака ставят пробелы, это позволяет отличать его от пунктуационного знака. Правда, из этого правила есть исключение: пробелы не ставят перед точкой и запятой. Приведем пример библиографической записи со знаками предписанной пунктуации:

Орфографический словарь русского языка : 110 000 слов / Акад. наук СССР, Ин-т языкознания ; [под ред. С. И. Ожегова и А. Б. Шапиро]. – 2-е изд., стер. – Москва : ГИС, 1957. – 1260 с.

Почему в библиографической записи тире иногда заменяют на дефис? Полагаем, что причины могут быть разные: технические ограничения на использование тире, незнание того, что тире и дефис — разные знаки не только графически, но и функционально, и др.

Предписанный знак точку и тире, разделяющий области библиографического описания, допускается заменять точкой в библиографических ссылках, например:

Орфографический словарь русского языка / под ред. С. И. Ожегова и А. Б. Шапиро. 2-е изд., стер. М. : ГИС, 1957. С. 3. 

Фамилию в заголовке библиографической записи рекомендуется отделять от имени (имен), имени и отчества, инициалов запятой. Библиографы иногда объясняют необходимость запятой тем, что она помогает в иностранных именах однозначно показать, где заканчивается фамилия и начинается имя, например: 

Ожегов, С. И. Толковый словарь русского языка. 4-е изд., доп. М., 1997.

Рубенс, Питер Пауль. Питер Пауль Рубенс в собрании Эрмитажа [Текст]. – Ленинград : Аврора, 1970. – 5 с.

При затруднении определения границ фамилии и имени допускается запятой их не разделять (Пон Чжун Хо).

Запятая после фамилии — недавнее новшество, она не является обязательной, как пунктуационный знак не нужна, поэтому довольно часто наши издатели и авторы такую запятую игнорируют.

Подробнее об оформлении библиографических записей читайте в ГОСТах, их перечень можно посмотреть в разделе «Официальные документы». Также заметим, что в Российской государственной библиотеке (возможно, и в других крупных библиотеках) периодически читают лекции, посвященные оформлению библиографии и библиографических ссылок. 

Написания с прописных букв возможны. Выбор будет определяться значением и стилистическими свойствами слов и в целом стилистическими особенностями текста. Сочетание отечественная война пишется со строчной буквы как описательный оборот, обозначающий характер войны. В сочетании со словом герой оно часто употребляется как название войны 1812 года и 1941−1945 годов, например: Памятник генералу Дорохову, герою Отечественной войны. Слово герой может записываться с заглавной буквы в контекстах, где ему приписывается особый высокий смысл и в составе званий, например: И вовеки не будут забыты / Наших Красных Героев дела (А. Тиняков), Герой Российской Федерации. В сочетании с названием войны слово герой обычно пишется со строчной буквы.