Запятая перед и нужна, так как это сложное предложение.

Пунктуационное оформление корректно.

Запятая нужна, так как частица только относится не к придаточной части когда дошло до пристанища, а к последующей главной. В этом можно убедиться, переставив придаточную часть: Или привечали Богодула в Матёре больше, или по другой какой причине приглянулся ему остров, но только Богодул, когда дошло до пристанища, выбрал Матёру.

В третьем предложении из приведенных Вами частица только также стоит между союзом но и словом когда, но она относится к придаточной части. Перестановка придаточной части ведет к искажению смысла. Ср.: Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте, мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор и Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор, когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте. 

В двух других примерах перед частицей только нет союза. В них действуют такие правила.

1. Не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит отрицательная частица не. Ср.:  В море, в качке, спишь не когда хочешь, а когда можешь; Он знает не только где водится дичь, но и какие её разновидности там обитают.

2. Если перед подчинительным союзом стоят усилительные частицы как раз, только, лишь, исключительно и т. п., то запятая ставится перед ними вопреки интонации (при чтении пауза перед ними не делается). Ср.: Я эту работу выполню, только если буду свободен.

Правильно: суперлуние (ср.: полнолуние, новолуние), супер-Луна.

Пунктуационное оформление предложения корректно.

Следует обратиться в Институт русского языка РАН: http://ruslang.ru/sprav

Запятая перед словом закладная не нужна.

Корректно: В связи с новым порядком оформления собственности закладная, а также отчёт об оценке при подаче документов не требуются.

Вы написали предложение верно. Прописные буквы заменяются строчными, если перед перечислением стоят знаки двоеточие или тире (впереди имеется обобщение): Величайшие умы человечества мучились над вопросами: что мы можем знать? на что мы можем надеяться? как нам следует поступать?

Запятая перед какое не нужна.

Запятую перед чтобы лучше не ставить, в остальном все верно.