Принято ставить запятую после слов с уважением.
В разговорной речи такое возможно.
Вы написали это сочетание верно.
Корректна в каком смысле? Нарушений лексической и грамматической сочетаемости здесь нет. О стилистической корректности можно судить только по контексту.
Обычно эти слова не требуют обособления.
Эти слова не требуют обособления, однако окончательное решение можно принять, только зная предложение целиком.
Названия должности и ученой степени не являются однородными приложениями, если стоят до имени собственного, например: директор завода д-р экон. наук Петров. Но в позиции после имени собственного они становятся однородными: Петров, директор завода, д-р экон. наук.
Кавычки не нужны. Это значение слова желтый не является новым, непривычным.
Если имеется в виду Комиссия подтверждает, что ввод в эксплуатацию выполнен, то Ваш вариант неверен, его следует перестроить.