Без контекста нельзя судить о правильности написания.
Оформление зависит от того, в какого рода тексте используется написание. Так, на афише можно воспользоваться приемами графического выделения, разместив две части названия («Дело, которому ты служишь» и Медики — прототипы героев художественных произведений) на разных строчках, отформатировав надпись по центру. В этом случае точка после обеих частей названия не нужна.
В рамках иного текста придется воспользоваться двойными кавычками разного рисунка: На выставке «„Дело, которому ты служишь“. Медики — прототипы героев художественных произведений» посетители смогут увидеть...
Правила деления на слоги и правила переноса действительно часто не совпадают. См. правила переноса, изложенные в полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.
Здесь логика та же, что и с названиями, например, марок автомобилей.
Автомобиль — сущ. мужского рода, (авто)машина — женского. Из этого как будто бы следует, что можно и так, и так. Но, когда речь идет, допустим, о «Волге», пишут и говорят приехал на синей «Волге» (ж. р.), а когда о «Москвиче» — приехал на синем «Москвиче» (м. р.). Противоположные варианты исключены. Это означает, что решающую роль играет род того существительного, которое и является названием, а не род слова, обозначающего понятие. Следовательно, когда речь идет о байдарке, мужской род названия «Таймень» сохраняется.
Двухсотпятидесятисемиугольник — это одно слово. В им. падеже в слове выделяется нулевое окончание, в косвенных падежах ед. числа и во всех формах мн. числа окончание выражено материально, ср.:
двухсотпятидесятисемиугольник-Ø,
двухсотпятидесятисемиугольник-а,
двухсотпятидесятисемиугольник-у и т. д.;
двухсотпятидесятисемиугольник-и,
двухсотпятидесятисемиугольник-ов и т. д.
В словарях З. А. Потихи и А. Н. Тихонова представлены разные подходы к членению основы слова.
Словарь З. А. Потихи затрагивает проблемы словообразования, но это скорее морфемный словарь: он указывает, из чего состоят слова, а не как они образованы. Словарь опирается на структурный анализ основы слова, при котором выделяются узнаваемые для носителя современного русского языка морфемы.
Словарь А. Н. Тихонова, напротив, фиксирует результаты исключительно словообразовательного анализа на основе смысловых связей между словами в современном русском языке, то есть опирается на реально существующие словообразовательные связи.
Этимологически прилагательные легкий, мягкий, редкий со значением ‘характеризующийся, обладающий тем, что названо производящим существительным’ образованы от существительных при помощи суффикса -к-. Такая словообразовательная модель сохраняется в современном языке (ср.: гул → гулкий, жар и жара → жаркий, вес → веский, пыл → пылкий, низ → низкий и т. п.), что позволяет при морфемном анализе выделить суффикс -к- по аналогии.
При синхроническом словообразовательном анализе возникает вопрос о значении корней ред-, мяг-, лег- в отличие от корней типа гул-, жар- и т. п., рассмотренных выше. Поэтому в словаре А. Н. Тихонова слова легкий, мягкий, редкий считаются непроизводными с корнями редк-, мягк-, легк-.
Корректно: «Надо за пять — добежим за пять» — читалось на разгорячённых от недавнего бега и мороза лицах; Через полчаса мы побежим штурмовать условно вражеский берег.
Приведенные Вами примеры вполне вписываются в общее правило, поэтому корректно: ошибка-404, код состояния — 301, Глизе-3512, Лаланд-21185, Росс-128b, Thriller-2, The Dark Side of the Moon — 2.
Корректно: ОМВД РФ по району Богородское.
Нормативными словарями интересующие Вас слова не зафиксировны. При этом базовые правила диктуют слитное написание (натрийглюкозный, глутаматассоциированный, левоноргестрелвысвобождающая), так как первая и вторая части этих терминов грамматически тесно связаны. Однако на практике гораздо более часто встречается дефисное написание левоноргестрел-высвобождающая, что вполне логично: дефис позволяет разглядеть в этом громоздком прилагательном самостоятельные части и тем самым понять его содержание.