Является ли название вещества поясняющим приложением, зависит от контекста. Если речь идет о том, что на заводе предусмотрен синтез вспомогательных веществ, входящих в препарат, то есть противопоставлены вспомогательные вещества и активное вещество, то название активного вещества нужно каким-то образом выделить, например: На заводе не предусмотрен синтез активного вещества — ибупрофена; На заводе не предусмотрен синтез активного вещества (ибупрофена). Если в контексте сопоставляются разные активные вещества, название одного из них не будет поясняющим, например: На заводе не предусмотрен синтез активного вещества ибупрофена, а синтез других активных веществ — предусмотрен. 

Правильно: Не «Бахчисарайский...» ли «...фонтан» вы читаете?

В поэтической речи отклонения от литературной нормы нередки. Однако сама по себе постановка вопроса "можно ли отклониться" нам кажется неверной. Мы не можем санкционировать ошибки.

Проблема в том, что если елку начистить, она вряд ли станет от этого мигать.

Смысловой, а точнее логико-понятийный, «конфликт» двух слов очевиден, и если исключено намеренное — по воле автора — их соединение, то едва ли можно признать выражение корректным.

Здесь есть некоторая смысловая путаница. Снискать - это "заслужить, добиться". А дар - "то, что дается безвозмездно".  Может быть, обрела дар? Но только не "своими трудами". И можно ли говорить о праведности как о том, что подарено, даровано?

Написание с прописной нарицательных существительных, используемых не в своем обычном значении, потерявших свое прямое значение, регламентировано для имен собственных — имен людей (Ричард Львиное Сердце) и составных географических названий (Кузнецкий Мост, Ясная Поляна). Написание Радужные Столбы соответствовало бы правилу, если бы это сочетание было прозвищем или географическим названием, например: Иван Радужные Столбы, поселок Радужные Столбы.

Вряд ли целесообразно настолько расширять функции прописной буквы, чтобы использовать ее для выделения самых разных наименований, где слово используется не в своем прямом значении. В одних случаях достаточно одной прописной в начале названия, в других — использования кавычек или других выделительных средств (например, курсива).

Можно оформить предложение так, как оформили Вы, а можно — в виде сложноподчиненного предложения с косвенным вопросом: Для начала задайте себе вопрос, нравится ли вам место, в котором вы работаете.