На с. 16 в этом словаре (в издании 1986 г.) сказано: «…материалом настоящего словаря морфем русского языка послужило более 52 000 слов, составленных приблизительно из 5 000 морфов (из них более 4 400 корней, 70 префиксов и около 500 суффиксов, среди которых немало “аномальных”, встречающихся лишь в нескольких словах)».

Верно: Внутри музыкальной шкатулки были медные валики с тонкими стальными шипами, и около каждого валика сидела на бронзовом рычажке медная стрекоза, бабочка или жук. Первая запятая разделяет части сложносочиненного предложения, вторая разделяет однородные подлежащие.

Да, прописная буква и кавычки при таком употреблении сохраняются.

Однокорневые значит образованные от одного корня, то же самое, что однокоренные.

Запятая после кожи нужна.

Что касается буквы Ё, то ответ следующий. Написание буквы Ё регулируется правилами русского правописания. В соответствии с ними буква Ё пишется в трех случаях: 1) когда необходимо предупредить неверное чтение и понимание слова, например: узнаём в отличие от узнаем; всё в отличие от все; совершённый (причастие) в отличие от совершенный (прилагательное), сюда же относится Ё в именах, отчествах, фамилиях людей: Чернышёв – Чернышев; 2) когда надо указать произношение малоизвестного слова, например: река Олёкма; 3) в cпециальных текстах: букварях, школьных учебниках русского языкa, учебниках орфоэпии и т. п., а также в словарях для указания места ударения и правильного произношения. В остальных случаях написание Ё факультативно (необязательно).

Междометия выделяются запятыми. Поэтому запятая нужна: Я плохо себя чувствовала, но, эй, разве я могла пропустить день рождения своей сестры?

В словарях зафиксирован фразеологический оборот пахать как папа Карло. Встреченное Вами выражение пахать как карла  в доступных нам источниках не указано. Теоретически возможно, что такой оборот существует и слово карла в нем не имеет отношения к папе Карло, а означает 'карлик' (карла – устар. карлик), поскольку в некоторых словарях приведен оборот вкалывать как карлик у водокачки, тоже означающий 'много работать, не давая себе отдыха'. Но все же более распространено выражение пахать как папа Карло.

Вы правы, нужно добавить скобку. Мы передадим авторам академического словаря. Список слов с опечатками присылайте, будем проверять. Большое спасибо за лексикографическую бдительность!