По структурному принципу никаких других запятых, кроме уже поставленных, в предложении не требуется. В коммуникативном плане часть после союза или представляет собой самопоправку, связанную с колебаниями автора в выборе слова (вначале он выбирает громкое слово судьбоносный, затем понижает тон), что заставляет каким-то образом отделить эту часть. Это можно сделать с помощью интонационного тире: И вместе с тем мы стали свидетелями событий, которые кажутся судьбоносными — или если не судьбоносными, то чрезвычайно важными.

С городскими географическими названиями такое иногда происходит: ударение в городском названии может отличаться от ударения в имени собственном, по которому это название было дано. Другие примеры см. в ответе на вопрос № 269990.

Можно обратиться к печатным изданиям. В недавно вышедшем в свет 4-м издании «Русского орфографического словаря» РАН (М., 2012) зафиксировано:

спа, нескл., м. и с.  (курорт с минеральными водами; водные процедуры)

спа... – первая часть сложных слов, пишется через дефис.

Таким образом, спа в рассматриваемом значении пишется строчными, может употребляться и как самостоятельное слово, и как первая часть сложных слов: спа-процедуры, спа-салон. При самостоятельном употреблении спа может выступать и как существительное мужского рода, и как существительное средного рода.

В словах, однокоренных слову бросать, общая часть (корень) – -брос-/-брош-/-бра́с- (ср.: бросить, брошенный, бросивший, выброс, бросок, отбрасывать). Гласная а является суффиксом (еще ее называют тематической гласной), который вместе с и образует видовые пары (например: бросать – бросить, скупать – скупить, выпускать – выпустить).

В словах, однокоренных слову дать, общая часть – -да- (подавший, данный, отдавать, придание (от придать), задание). Гласная а не имеет видового значения. Видовая пара образуется с помощью суффикса -ва-, который прибавляется к корню -да- (давать).

Буквы е, ё, ю, я обозначают два звука: согласный [j] и гласный [э], [о], [у], [а]. В форме маю согласный [j], являющийся частью корня, остается, окончание в этой форме – [у]. Аналогично: ма[jэ]м, ма[jа]м.

В предложении Летом мы ремонтировали крышу дома слово дома является дополнением. Кто-то, видимо, ошибочно решил, что существительное не может управлять дополнением, а зависимое сущ. при нем всегда является несогласованным определением. На самом деле существительные вполне могут управлять дополнениями; в частности, в данном случае главное слово — крыша — обозначает часть целого, и при таких сущ. регулярно использование в качестве дополнения слова, обозначающего то целое, часть которого названа. Вот, скажем, в словосочетании ограда Летнего сада зависимый компонент действительно является несогласованным определением.

Существительное — это часть речи, при выделении которой на первый план выходят грамматические признаки слов. Что же касается значения существительных, то это часть речи, которая может обозначать все, что угодно: предмет (стол), лицо (мальчик), животное (корова), признак (глубина), отвлеченное понятие (совесть), действие (пение), отношение (равенство). Объединены с точки зрения значения эти слова тем, что к ним можно задать вопрос кто? или что?. Они обладают грамматическими признаками существительного, например склоняются как существительные, способны сочетаться с определением, которое будет согласовываться с ними в роде, числе и падеже. 

В то время как — составной подчинительный союз. Он может целиком входить в придаточную часть (и не разделяться запятой), но может и расчленяться (в этом случае запятая ставится между частями союза, перед словом «как»).

Если придаточная часть сложноподчиненного предложения стоит перед главной, запятая между частями союза в то время как обычно не ставится (постановка запятой допустима, но такое пунктуационное оформление считается устаревшим).

Таким образом, наличие запятой в первом предложении (из Чехова) связано с тем, что таковы были пунктуационные нормы прошлого. Не будет ошибкой написать это предложение и без запятой перед как.

Правильным будет вариант 2: При получении вы всегда можете проверить состав заказа, и, если вам не подходит срок годности позиции, вы можете от неё отказаться. Союз и связывает две грамматические основы в составе сложносочиненного предложения — вы (первое) можете проверить и вы (второе) можете отказаться; часть если вам не подходит срок годности позиции — это придаточная часть внутри главной. Заметим, однако, что с коммуникативной точки зрения лучше разделить высказывание на два предложения: При получении вы всегда можете проверить состав заказа. Если вам не подходит срок годности позиции, вы можете от неё отказаться.

В этом случае следает писать раздельно: так же.