1. Перед нами пример возникающего в диалоге феномена отраженной речи, к которой относится не только цитирование реплики собеседника, но и интеграция фрагментов высказывания собеседника в собственное высказывание. Примеры второго типа — а в данном случае именно такой пример, поскольку в интегрированном высказывании другое лицо (второе), нежели в исходной реплике (первое), — не описаны в справочниках по пунктуации. По своей структуре рассматриваемая реплика представляет собой бессоюзное сложное предложение, первая часть которого содержит глагол с незамещенной синтаксической позицией. В таких предложениях эталонным знаком является двоеточие, например: Я тебе определённо скажу: у тебя есть талант (Ф.). Однако интонационный рисунок высказывания с отраженной речью несколько другой, поэтому рекомендуем поставить между частями тире (оно и в целом допускается правилами как замена двоеточия, см. примечание 2 к параграфу 129 справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина). Добавим, что рассматриваемое предложение вопросительное (представляет собой удивленный или возмущенный вопрос), поэтому нужно поставить соответствующий знак конца предложения — вопросительный знак либо сочетание вопросительного и восклицательного знаков, например:
— Я не хочу идти с тобой.
— Что значит — ты не хочешь идти со мной?!
2. Ряд вопросов, комментирующих содержание высказывания, вполне уместно представить в виде вставной конструкции, но лучше оформить ее в скобках. Поскольку это часть одного предложения, вопросы начинаются со строчной буквы: В тот день, когда она находилась дома (а точно ли находилась? кто-то проверял? она может представить доказательства?), всё и произошло. Обратите внимание, что со словом доказательства лучше использовать глагол представить.
Пояснительные согласованные определения не выделяются, а лишь отделяются от поясняемого определения запятой. Пояснение возникает при особых по значению определениях — они имеют общий неконкретизированный, неопределенный смысл. Второе, поясняющее определение снимает неопределенность. Пояснение может возникнуть и в случае, когда первое определение достаточно конкретно (например, выражено числительным), а второе определение поясняет его иными словами.
Последнее предложение описывает Ваш случай. Поэтому следует поставить запятую только перед пояснительным определением: Вы открыли третью, последнюю книгу трилогии...
Пунктуация верна, другие запятые не нужны.
Правильно: он стал избегать семьи.
См. ответ на вопрос № 302171.
Вы правы в том, что такое сочетание плеонастично, то есть лексически избыточно. Но оно прочно вошло в состав литературного языка, как и некоторые другие плеоназмы.
На месте скобки запятая не нужна, потому что причастный оборот спаянная железной дисциплиной стоит перед определяемым словом элита. Обособляются обороты, стоящие после определяемых слов, ср.: элита профессиональных революционеров, спаянная железной дисциплиной.
Произношение таких слов следует уточнять по словарям. Например, на нашем портале в рубрике "Проверка слова" сведения о мягком и твердом произношении согласного звука перед Е приводит словарь "Русское словесное ударение" М. В. Зарвы.
