При соблюдении рекомендуемой последовательности постановки знаков никаких ограничений по их числу нет. Так, в принципе возможны и кавычки третьего уровня вложенности, хотя очевидно, что нагромождение знаков не вызовет положительных эмоций у читателей текста.
Название, заключаемое в кавычки и не сочетающееся синтаксически с родовым словом, не склоняется. Правильно: генеральному директору ОАО «Верхнебаканский завод». Вот если бы родового слова не было, название склонялось бы: генеральному директору Верхнебаканского завода.
Название института предпочтительно заключить в кавычки и не склонять: Учреждение Российской академии наук «Институт физики твердого тела», Учреждению Российской академии наук «Институт физики твердого тела», Учреждением Российской академии наук «Институт физики твердого тела».
Правила здесь никакого нет. Аналогичный компонент измы уже оформился как самостоятельное слово, но раньше его писали (а иногда и сейчас пишут) в кавычках. Полагаем, что и онами лучше заключить в кавычки, убрав черточку.
В этом значении глагол загрузить разговорный. Для статьи лучше подобрать стилистически нейтральные слова. Если всё же использовать в статье глагол загрузить, его надо заключить в кавычки (они укажут на принадлежность слова другому стилю).
Судя по данным Национального корпуса русского языка, слово используется, хотя и очень редко: в газетном корпусе встретилось всего три примера, причем в одном из них слово взято в кавычки — видимо, как необычное.
Вы правы: один из критериев при употреблении кавычек – «обычность/необычность», или, другими словами, «привычность/непривычность». Словосочетание эмоциональный всплеск уже прижилось в речи, поэтому кавычки для него не нужны. Подробнее об этом см. в «Письмовнике».
В письменном тексте слово цитата избыточно. На цитату указывают кавычки. Если необходимо записать дословно устную речь, то слово цитата можно оформить как вставку, обособив его знаками тире: Сидоров оскорбил меня, назвав – цитата – «отсталым человеком».
Да, заключаются в кавычки названия литературных произведений и периодических изданий, представляющие собой словосочетания с родовым наименованием: «Роман без вранья», «Повесть о настоящем человеке», «Оптимистическая трагедия»; «Литературная газета», «Русский журнал». Правильно: направляется в «Акустический журнал».
Да, кавычки сохраняются: 1. Он состоит в банде "Крысы", поэтому он "крыса". 2. В передаче "Молодые ножи" участники готовят разнообразные блюда. Каждый "нож" выкладывается по полной.