Правильно: высоконагруженный. Часть -нагруженный образована от приставочного глагола совершенного вида нагрузить.
Мы нигде не рекомендуем склонять первую часть этого наименования. См. 272474
Это сложноподчиненное предложение, первая часть которого представляет собой нечленимое предложение (слово-предложение).
Гео… – первая часть сложных слов, пишется слитно. Корректно: геоскопления.
Корректно: гидрогородок (гидро… – первая часть сложных слов, пишется слитно).
Запятая нужна: она закрывает придаточную часть, начинающуюся с союзного слова которые.
Да, существительным управляет дробная часть: двенадцать целых четыре десятых квадратного километра.
Нужно закрыть запятой придаточную часть: Всё, что могу предложить, — это...
Запятая нужна, она отделяет главную часть от придаточной в сложноподчиненном предложении.