Действительно, в данном случае вводная конструкция, указывающая на источник сообщения, включает причастный оборот: по гипотезе, предложенной учеными. Знаки препинания внутри вводных конструкций ставятся на общих основаниях. Если автору или редактору представляется, что использование запятых делает предложение недостаточно ясным по смыслу, вводную конструкцию можно оформить как вставку: Примечательно, что гибель Содома — по гипотезе, предложенной учеными, — может быть связана со взрывом астероида над городом Телль-эль-Хаммам.

Постановка или непостановка запятой между союзом и вводным словом (сочетанием) зависит от того, можно ли изъять это слово (сочетание) или переставить его в другое место в предложении без нарушения его структуры. При союзах и и но обычно так и бывает, сравним: Мы видели, что собеседник ошибается, но мы не хотели спорить, а потому промолчали. Следовательно, в данном случае вводное сочетание нужно отделить от союза запятой. 

В этом предложении сочетание как обычно тесно связано по смыслу со сказуемым и не является вводным (см. «Справочник по пунктуации»). После этого сочетания, между частями бессоюзного сложного предложения, возможны разные знаки (тире, запятая, двоеточие), но для выражения пояснительных отношений (если вторая часть отвечает на вопрос Что значит «как обычно»?) наиболее уместно двоеточие: Ты не переживай, делай как обычно: с тебя заполнение таблицы.

Вводные слова обычно не отделяются запятой от союзов, стоящих в начале предложения, однако в данном случае союз но и вводное сочетание может быть не обнаруживают тесной связи, вполне возможно изъятие или перестановка вводного сочетания, например: Но стоит, может быть (о вариативной пунктуации в подобных случаях см. параграф 25.6 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя). Исходя из этого, рекомендуем вариант: Но, может быть, стоит. 

Слово аналогично не является вводным. Вместе с тем в приведенном примере оно, судя по всему, предваряет описание случая, аналогичного описанному ранее, то есть связывает данное предложение с предыдущим контекстом. Если это так, то уместно поставить двоеточие: Аналогично: если мышьяк в небольших дозах добавляют в некоторые лекарства, то в больших дозах он яд. Обратим внимание, что между подлежащим — личным местоимением он и сказуемым-существительным яд тире не ставится.

Правильно и в первом примере, и во втором. А вот и сами правила:

Если вводное слово стоит в начале обособленного оборота – запятые ставятся перед вводным словом и после всего обособленного оборота. После вводного слова запятая не ставится (иначе говоря, запятая, которая должна была «закрывать» вводное слово, переносится в конец обособленного оборота).

Если оборот заключен в скобки, то стоящее в его начале или конце вводное слово отделяется запятой по общему правилу.

Сочетание в свою очередь в функции обстоятельства имеет значение «со своей стороны, в ответ, когда наступила очередь» (Например: Я в свою очередь протянул ей руку и на этот раз крепко пожал ее холодные пальчики. И. Тургенев, Ася). В тексте о подобном речь не идёт (как верно замечено, субъекты не полемизируют друг с другом прямо), а значит, сочетание в свою очередь указывает на отношения между высказываниями и является вводным. 

Правильно: материально ответственный.

Первая часть сложных слов материально... пишется через дефис в сочетании со второй частью – относительным прилагательным, напр.: материально-денежный, материально-сырьевой, материально-технический, материально-товарный, материально-финансовый; пишется раздельно в сочетании со второй частью – качественным прилагательным, напр.: материально ответственный, материально выгодный, материально невыгодный; пишется раздельно с прилагательным-причастием, напр.: материально зависимый, материально заинтересованный, материально независимый, материально необеспеченный, материально обеспеченный. См.: Бешенкова Е. В., Иванова О. Е., Чельцова Л. К. Объяснительный русский орфографический словарь-справочник. М., 2015.

Здесь действует правило: нарицательные существительные в составных географических названиях пишутся с прописной буквы, если они употреблены не в своем обычном значении. Ряд (ряды) – это специально оборудованные места для розничной торговли на торговой площади или вдоль улицы в старой Москве. Сейчас в названиях улиц Охотный Ряд, Каретный Ряд слово Ряд не употребляется в этом значении: Каретный Ряд – это улица, а не вереница ларьков и прилавков. Поэтому слово Ряд пишется с большой буквы.