В «Большом энциклопедическом словаре: ветеринария» под ред В. П. Шишкова зафиксированы многочисленные зоонозы (названия инфекционных и паразитарных заболеваний животных), построенные на базе сочетаний главного существительного, называющего заболевание, и подчиненного существительного, являющегося наименованием животного-носителя этого заболевания: чума птиц (так раньше называли грипп птиц), грипп животных, диарея крупного рогатого скота, рожа свиней, макракантортхоз свиней, филиколлёз уток, эхиноринхоз рыб, спирохетоз птиц, акарапидоз пчел, энцефалит лисиц, колибактериоз телят и т. п.
Ветеринарных терминов, построенных по модели «прилагательное + существительное» (птичий грипп и т. п.), в словаре В. П. Шишкова не обнаружено.
Поэтому в текстах научного стиля, связанных с медициной и ветеринарией, уместными будут наименования типа грипп птиц. Сочетания типа птичий грипп относятся к общеупотребительным, но в будущем могут пополнить специальную терминологию.
Если ориентироваться на примеры, приведенные в параграфе 12.7 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя (В результате сила электромагнитного поля проходящих сигналов, а значит, и сила приёма увеличиваются во много раз; Странный, если хотите — вызывающий тон неприятно подействовал на окружающих), можно рекомендовать поставить в указанном месте либо запятую, либо тире.
См. в «Горячих вопросах».
Верен первый вариант (обособлено придаточное предложение).
Предлог - в течение. Существительное в предложном падеже - в течении.
