Слово осень может быть написано с большой буквы в стилистических целях (если подчеркивается особый смысл, подчеркивается значимость наступления осени) или если оно используется, например, как название персонажа художественного произведения. В остальных случаях оснований для большой буквы нет.
Имя сказочного персонажа Мальчик с пальчик не обязательно писать с двумя дефисами. В академическом орфографическом словаре, размещенном на ресурсе «Академос» Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН, варианты Мальчик с пальчик и Мальчик-с-пальчик даны как равноправные.
Во времена Салтыкова-Щедрина слово пескарь писалось через И: пискарь (в таком написании это слово зафиксировано и в словаре Даля). Поэтому и в названии сказки Салтыкова-Щедрина, и в имени персонажа правильно написание с И: Премудрый пискарь. Во всех остальных случаях правильно: пескарь.
Имя голосового помощника Алиса на практике пишется без кавычек, что вполне объяснимо: оно воспринимается не как условное название программы, а как имя собственное в узком смысле этого слова (имя человека, персонажа). Корректно: голосовой помощник Алиса, колонка с Алисой и т. д.
Слово мцыри выступает здесь как имя литературного персонажа, и его надо написать с прописной буквы: Мцыри. В стихотворных цитатах, включенных в состав прозаического текста в качестве его компонентов, строки отделяются одинарной или двойной косой чертой, прописные буквы в начале строк сохраняются.
Правильно: затрапе́зный. В Метасловаре ошибка, обязательно исправим.
Если это фамилия, то ударение может падать на любой слог, это определяет носитель фамилии (или автор текста, если речь идет о персонаже). Но, конечно, в рамках одного произведения ударение в фамилии меняться не должно :)
Выражение добраться домой употребляется давно и сравнительно часто. В русской литературе упоминаются персонажи, о которых авторы сообщают: мечтал поскорее (побыстрее / пораньше) добраться домой, с трудом добрался домой, добралась домой поздно, еле добрался домой. В толковых словарях русского языка сочетаемость слов не всегда отражается в полном объеме.
Именно такое написание имени сказочного персонажа — Муха-Цокотуха — и является сейчас нормативным, оно зафиксировано в академическом орфографическом словаре, размещенном на ресурсе «Академос» Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН. Ранее «Русский орфографический словарь» РАН рекомендовал написание Муха-цокотуха, но теперь эта рекомендация изменена.
В ОТЛИЧИЕ ОТ (кого, чего), предлог
Обороты, присоединяемые предлогом «в отличие от», могут обособляться. О факторах, влияющих на расстановку знаков препинания, см. в Прил. 1.
Нашлись и среди нас такие, которые утверждали, что наш профессор, в отличие от прочих навигаторов, сам никогда не выходил в море. А. Некрасов, Приключения капитана Врунгеля. Но штормовой ветер, в отличие от моря, разводит волну в заливе как бы с большой натугой. К. Паустовский, Кара-Бугаз. Человек в отличие от животных приобрел могучее мышление и воображение. И. Ефремов, Лезвие бритвы. Маршрутники в отличие от фланеров ведут визуальное наблюдение преимущественно в пути, при проезде в поездах и эшелонах. В. Богомолов, Момент истины. Достаточно надавить пальцем на глазное яблоко, и все реальные предметы – в отличие от галлюцинаций – раздвоятся. А. и Б. Стругацкие, Понедельник начинается в субботу. …Наша космическая наука преимущественно исследует обратную сторону Луны, в отличие от приземляющихся на дневной стороне американцев. В. Пелевин, Омон Ра.
Приложение — это компонент, главная функция которого состоит в дополнительной характеристике определяемого слова. Эта дополнительная характеристика может носить уточняющий характер, может служить указанием на особую важность предмета в каком-либо отношении (старейшая газета России в Вашем примере), может называть классифицирующий признак предмета (летопись в Вашем примере) и др. Поэтому ориентироваться разумнее не на различные попытки вывести правила разграничения приложений и определяемых слов, которые содержатся в различных пособиях, но не охватывают и не могут охватить всего разнообразия смысловых и прочих отношений в конструкциях с приложениями, а на этот главный признак: то, что служит дополнительной характеристикой, и является приложением.
Как Вы уже поняли, никаких реальных ограничений на то, чтобы главное слово было собственным наименованием в кавычках, не существует. Безусловно, бывает, что такое название как раз и служит приложением (кафе «Березка»), но из этого нельзя выводить никакого правила.
Когда имеется обособление, решать, конечно, проще: в обоих Ваших примерах обособленные компоненты и являются приложениями.