Вы верно заметили: в этом предложении союз но не связывает однородные члены либо части ССП. Здесь он образует так называемую конструкцию с вторичной союзной связью. В справочниках по пунктуации такие конструкции отнесены к присоединительным. 

Корректно дефисное написание инфекционно-приобретенная форма, поскольку это термин возник не на базе сочетания причастия приобретенная с наречием инфекционно, а на базе сочетания определений, относящихся к существительному форма и  связанных сочинительной связью (инфекционная и приобретенная). 

Вводным сочетанием скорее всего начинается третья часть сложного предложения, соединенная со второй частью бессоюзной связью. Эта часть имеет значение причины, обоснования (отвечая на вопрос «Почему его уже не было?»), и вместо тире лучше поставить двоеточие.

Спасибо за вопросы!

Вы указываете на одно из самых трудных и противоречивых мест в русском правописании. Сперва о кавычках. Принципиальной разницы между сочетаниями профессия "сварщик" и специальность "математика" нет, такие сочетания желательно писать единообразно. (Впрочем, все же есть одно различие: можно составить грамматически корректное согласованное сочетание профессия сварщика и нельзя составить согласованное сочетание специальность математики; это уже трудность в области грамматики, а не в области орформления текста, хотя последнее проистекает из первого).

А как единообразно - давайте исходить из складывающейся практики письма. Если приложение - изменяемое, склоняемое слово, то в случае падежного рассогласования и возникают кавычки, которые выступают именно как графический знак рассогласования. Поэтому на практике возникают такие сочетания, как по специальности "математика", по профессии "сварщик" и т. п. Сочетания же стиль + люкс, ретро, поп, ампир, барокко и другие - это сочетания с неизменяемыми приложениями, для того чтобы дополнительно отметить эту неизменяемость, кавычки не нужны.

Это полярные случаи. Названные же Вами примеры - промежуточные между двумя полюсами, поэтому в них и наблюдается оформительский разнобой.

Теперь о запятых. Корень проблемы - в том, что считать главным, а что зависимым словом в словосочетании, ведь словосочетание подразумевает подчинительную связь между своими частями, между входящими в него словами. Таким образом проблема вновь выходит из чисто пунктуационных рамок и передвигается в сферу грамматики, то есть устройства текста, его структуры, логических отношений между словами. А эти логические отношения выстраиваются автором текста, автором мысли, сообщения. И поэтому конечное решение - при выборе одного из возможных (подчеркнем: возможных, т. е. логически непротиворечивых) вариантов - за автором текста.

Запятая не нужна, т. к. у частей сложносочиненного предложения нас никто не обгонял и навстречу автомобилей не было есть общий элемент – поясняемое ими третье предложение шоссе было пустынно, предшествующее им и связанное с ними бессоюзной связью.

Предложенные вами варианты орфографически верны, но различаются по значению и грамматическим свойствам. Расчет-рассылка - это сочетание с приложением (то есть расчет, являющийся одновременно и рассылкой). Расчет рассылки - это словосочетание со связью управления, с вопросом: расчет чего?

Ответить на Ваш вопрос мы попросили д. ф. н. М. Я. Дымарского.

В структурно-семантической классификации такие предложения квалифицируются как сложноподчиненные, нерасчлененной структуры, с корреляционной связью, местоименно-соотносительные отождествительного типа, количественной разновидности. В школьной грамматике такие предложения не рассматриваются.

Необходимость запятой между однородными придаточными частями, соединенными бессоюзной связью, не вызывает сомнений, тогда как уместность тире сомнительна. Рекомендуем не ставить его: Молчание в холодном зале говорит ему лишь о том, что его перерыв скоро кончится, скоро вновь возвращаться за стол.