Запятая ставится.
В общем-то, в словарях на Яндексе такая же рекомендация: http://slovari.yandex.ru/%D0%B8%D0%BA%D0%BE%D0%BD%D0%BE%D0%BF%D0%B8%D1%81%D1%8C/%D0%BF%D1%80%D0%B0%D0%B2%D0%BE%D0%BF%D0%B8%D1%81%D0%B0%D0%BD%D0%B8%D0%B5/
Об исторической эпохе: раннее Новое время.
Словарные рекомендации противоречат друг другу.
В «Справочнике по русскому языку: правописание, произношение, литературное редактирование» Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой (М., 2010) указано, что официальные названия республик обычно согласуются со словом республика (т. е. склоняются), если оканчиваются на -ия, -ея (в Республике Болгарии, с Республикой Индией), и не согласуются, если оканчиваются на -а или имеют форму мужского рода (в Республике Куба, из Республики Панама, в Республике Вьетнам).
В то же время в «Словаре географических названий» А. В. Суперанской говорится, что в сочетании со словом республика названия республик женского рода обычно склоняются (независимо от окончания): в Республике Колумбии, из Республики Кубы. А вот названия республик мужского рода несклоняемы в функции приложения (здесь противоречия между справочниками нет): из Республики Нигер.
Впрочем, в официальных документах все названия республик, выступающие в роли приложения, часто остаются несклоняемыми.
Это вводные слова, которыми вводится уточнение (уточняющий оборот).
Верно: пылевлагонепроницаемый.
Это сочетание некорректно, предложение нужно перестроить.
Оба варианта корректны.
В безударной позиции после Ц пишется Е: МинздрАвом, но МиннАцем.
Знак % отбивают от цифр: 100 %