ООО «Трон» — это словосочетание. Главным словом в нем является существительное общество — главное слово словосочетания общество с ограниченной ответственностью (расшифровка аббревиатуры ООО). Название «Трон» играет роль приложения. Соответственно, если со словосочетанием нужно согласовать какое-либо слово, нужно поставить это слово в средний род: ООО «Трон» заключило договор...
В подобных случаях возникают написания с двумя дефисами, это не является нарушением орфографических законов: поп-ап-магазин, стрит-арт-художник.
Запятая перед как нужна.
Это непростой вопрос, так как в этом названии ударение падает на первый слог (Ка́левала), а в третьем содержится долгий гласный, который также вопринимается как ударный (Калевáла).
Невозможно дать ответ ни на один из вопросов, так как не назван глагол, управляющий этими двумя словами.
Да, склонение правильно.