Вы совершенно правы: наречие однажды в норме сочетается с глаголами совершенного вида, обозначающими однократное действие (однажды прыгнул, но не *однажды прыгал). 

Да, в словаре опечатка: помету офиц. следовало отнести к варианту Паралимпиада.

Правильно: причинить вред здоровью. Сочетание причинить вред жизни не вполне понятно.

Приведенные Вами фразы, безусловно, корректны. Слово русский употребляется не только по отношению к русским по национальности. Одно из значений слова русский, зафиксированных в «Толковом словаре русского языка» С. И. Ожегова и Н. Ю. Шведовой, – 'относящийся к русскому народу, к его языку, национальному характеру, образу жизни, культуре, а также к России, ее территории, внутреннему устройству, истории; такой, как у русских, как в России'.

Действительно, в данном случае вводная конструкция, указывающая на источник сообщения, включает причастный оборот: по гипотезе, предложенной учеными. Знаки препинания внутри вводных конструкций ставятся на общих основаниях. Если автору или редактору представляется, что использование запятых делает предложение недостаточно ясным по смыслу, вводную конструкцию можно оформить как вставку: Примечательно, что гибель Содома — по гипотезе, предложенной учеными, — может быть связана со взрывом астероида над городом Телль-эль-Хаммам.

См.  в учебнике С. Г. Бархударова «Правила русской орфографии и пунктуации».

Правильно:
-- Я же тебе все написал, -- удивился Игорь.
-- У меня есть более интересная тема, -- тихо сказала Ника.
-- Клей! -- гордо зачитала девушка. -- А ещё английские булавки.

Во-первых, в приведенном примере, нет подчинительного союза. Есть союзное слово (то есть относительное местоимение) который: именно оно оформляет подчинительную связь.

Во-вторых, среди сложных предложений действительно есть модели, предполагающие одновременность событий, о которых сообщается, или их последовательность. Но это модели сложносочиненных предложений (Светит солнце, и дует ласковый ветерок, и воздух свеж и приятен; Взошло солнце, и все вокруг ожило и зашевелилось), сложноподчиненных предложений с придаточными времени (Когда он занят чтением, его стараются не беспокоить; Как только солнце взойдет, мы отправимся дальше) и еще целый ряд других, но только не предложения с определительными (по школьной классификации) придаточными. В предложении о деревянном здании, сгоревшем через 10 лет после постройки, никакой ошибки не допущено.

Вы правы в том, что в приведенных примерах деепричастие учитывая употреблено некорректно. Во всех трех случаях лучше использовать условное придаточное: Если учесть, что… Но деепричастие при этом не перестает быть деепричастием. Предлог не может подчинять изъяснительное придаточное, на это способно только знаменательное слово с определенным значением.

Некорректность употребления деепричастия заключается в следующем. Действие, обозначаемое деепричастием, должно выполняться тем же субъектом, что и действие, обозначенное глаголом-сказуемым. Но сочетание не может учитывать (в первом примере), словообразование — тоже (второй пример), стратегия — тоже (третий пример). Именно несоблюдение этого правила вы ошибочно именуете «согласованием со сказуемым» (согласования в грамматическом смысле здесь нет).

Тире в указанной позиции действительно нужно поставить, чтобы закрыть пояснительную конструкцию, внутри которой есть придаточное предложение. Кроме того, в предложении не требуется запятая между присоединительным союзом и в начале предложения и вводным словом конечно. Что касается числа сказуемого при подлежащем — относительном местоимении кто, то здесь возможны варианты, см. ответ на вопрос № 328259.