Здесь действие, названное оборотом исходя из них, соотносится с действующим лицом («мы исходим из целей и планируем задачи»), а потому оборот обособляется: Мы ставим цели на один год и, исходя из них, планируем задачи на каждый квартал.
Интересующее Вас слово пока что не зафиксировано нормативными словарями, но правило гласит: экстра... – приставка, пишется слитно, но: э́кстра-кла́сс, э́кстра-по́чта, э́кстра-та́йм, э́кстра-э́нд. Поэтому вполне возможно дефисное написание термина э́кстра-шо́т.
Судя по всему, в предложении пропущена грамматическая основа. На ее месте ставится тире, перед которым нужно закрыть причастный оборот: Во время, отмеченное в дневнике как «усталость, дискомфорт», — без особенностей по сравнению с другими участками записи.
Философский вопрос. Видимо, в каких-то контекстах это будет справедливо.
Правильно: на заказ и по заказу.
Сложные прилагательные с первой частью черн-, образованные на базе словосочетаний с подчинительными отношениями компонентов, обычно не содержат звука [о] (на письме — ё) в первой части: чёрная борода > чернобородый, Чёрное море > черноморский (ср. чёрно-белый, где отношения между компонентами сочинительные).
Не нужна запятая перед словами "по срокам".
Перед союзом и в этих случаях нужна запятая, так как он связывает части сложносочиненного предложения: выбери — одна грамматическая основа, мы покажем — другая. Вместо запятой можно поставить тире (как знак, выражающий значение результата, следствия).
В современном русском языке принято написание со строчной буквы.
