Вы поставили знаки препинания правильно. Указанная запятая не требуется: союз как в данном случае имеет значение «в качестве».
Предлог включая и союз в том числе различаются грамматически — принадлежат к разным частям речи; включая, как и любой предлог, требует определенного падежа существительного (включая кого-что-л.), союз в том числе, как и любой союз, такого свойства не имеет. ЧТо касается значения, то в словарях можно найти указание, что предлог включая синонимичен союзу в том числе, а также толкование предлога включая через в том числе. Судя по этим данным, значение у рассматриваемых единиц одно и то же. Особо следует сказать о сочетании в их числе. Это сочетание образует так называемое эллиптическое предложение (самостоятельно употребляемое предложение с отсутствующим сказуемым). В таких предложениях при наличии паузы ставится тире, при отсутствии паузы знак не нужен: ...в их числе — JZ; ...в их числе JZ.
В предложении Он не поинтересовался, как у меня дела запятая ставится, так как это сложноподчиненное предложение. Предложение Он заносчив и эгоистичен и не способен на дружбу, хотя бы самую малую построено и оформлено корректно. Сомнения может вызвать, очевидно, повторение союза и: здесь первый союз и соединяет сказуемые заносчив и эгоистичен, второй — соединяет сочетание заносчив и эгоистичен с сочетанием не способен на дружбу. Оба упомянутых правила приведены в справочнике по пунктуации Д. Э. Розенталя (см. параграф 33.1 и параграф 13.8).
Книги, в которой были бы все ответы на вопросы по пунктуации, не существует: учесть всё многообразие человеческой речи, в передаче которой большую роль играют знаки препинания, едва ли возможно. Вместе с тем основные правила всё-таки приведены в справочниках. Кроме справочника Д. Э. Розенталя, это полный академический справочник «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина, а также «Справочник по пунктуации» на нашем портале.
В словосочетании самое основное ошибки нет. В предложении Я считаю, (что) доброта - лучшая вещь союз что можно опустить.
Слово же действительно может выступать в роли сопоставительного союза в сложносочиненных предложениях типа Вид у него суровый, сердце же доброе. Однако в приведенном предложении употреблено наречие тут же; сопоставительных отношений между частями не наблюдается. Значит, перед нами бессоюзное сложное предложение.
Вы правы, в данном случае запятая не нужна, так как оборот не обозначает сравнения, а союз как равен по значению предлогу в качестве. Правила приведены в параграфе 42.4 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя.
Запятая перед первым союзом и не нужна, так как подчинительный союз если относится к обеим соединяемым частям: Если по прошествии этого времени все правильно сформировалось и у пациента нет никаких жалоб, то проводится установка постоянной коронки, и на этом процесс заканчивается.
Запятая нужна: союз и соединяет части сложного предложения.
В этом случае корректно множественное число: ...которые они проводят... или ...проводимые ими...
Это изъяснительное придаточное предложение, и его нужно выделить запятыми. В «Русской грамматике» 1980 г. указано, что союз или при выражении изъяснительных отношений принадлежит к числу «союзных средств, относящихся к сфере вопроса».
