«Академос» указывает, что первая часть сложных слов альфа-... пишется через дефис. Правильно: альфа-самец.

Ударение на первом слоге в слове сту́пица было зафиксировано как допустимое уже в "Орфоэпическом словаре русского языка" под редакцией Р. И. Аванесова в 1983 году. Что касается упоминаемых Вами словарей М. А. Штудинера и М. В. Зарвы, то нужно учитывать, что это словари особого типа: они предназначены для работников СМИ и в них не приводятся варианты. В грядущем году должен выйти в свет новый "Большой акцентологический словарь современного русского языка". 

В словарях можно найти противоречивые рекомендации относительно родовой принадлежности слова идефикс. «Грамматический словарь русского языка» А. А. Зализняка  (М., 2008) рассматривает идефикс как слово мужского рода, «Большой академический словарь русского языка» (Т. 7. М., 2007) – как слово женского рода. В «Большом толковом словаре русского языка» под ред. С. А. Кузнецова, электронная версия которого размещена на нашем портале, идефикс тоже дано как слово женского рода, такова позиция авторского коллектива. На согласование по женскому роду влияет слово идея, за мужской род – внешний фонетический облик существительного идефикс.

Пример согласования в женском роде возьмем из «Большого академического словаря русского языка»: В известной степени персонажи пьесы – маньяки и безумцы, одержимые каждый своей идефикс. Г. Товстоногов, Зеркало сцены.

Слово идефикс происходит от французского idée fixe 'укоренившаяся мысль'. Первая фиксация существительного идефикс – в «Толковом словаре русского языка» под ред. Д. Н. Ушакова. При этом сочетание идея фикс в русском языке употребляется с XIX века, например: У госпожи Ельцовой были свои идеи фикс, свои коньки. И. Тургенев, Фауст.

Это техническая ошибка. Исправили. Спасибо!

Ваш в Вашем вопросе корректно писать строчными, так как Вы обращаетесь к коллективу "Грамоты" (нескольким лицам). А вот мы, отвечая на вопрос, обращаемся к Вам как к автору вопроса (одному лицу), поэтому пишем Вы, Ваш с прописной. 

Да, считаные в значении 'очень немногие' сейчас пишется с одним н. Это написание было приведено в соответствие общему правилу: в прилагательных не на -ованный (-ёванный, -еванный), образованных от глаголов несовершенного вида, пишется одно н. Раньше это слово приводилось в списке исключений.

Впервые написание считаный было предложено в 1-м издании «Русского орфографического словаря» РАН под ред. В. В. Лопатина (М., 1999). Еще одно слово, выведенное тогда из списка исключений, — деланый. Теперь оно тоже пишется по общему правилу: прилагательное деланый ('неестественный') — с одним н (деланое равнодушие), причастие деланный — с двумя н (деланное много раз предложение).

Изменение написания некоторого количества слов в очередном издании орфографического словаря — вполне обычное дело, но только относительно недавно эта работа стала открытой для общества. Авторы всех выходивших в советские годы исправленных и дополненных изданий «Орфографического словаря русского языка» тоже не обходились без некоторого количества орфографических изменений, но эти изменения (как справедливо отмечал еще в 2000 году тогдашний председатель Орфографической комиссии РАН В. В. Лопатин) никогда не афишировались, на них специально не обращалось внимания. Это привело к тому, что некоторые из решений, принятых еще полвека назад, до сих пор известны не всем пишущим по-русски. Один из самых ярких примеров — многострадальная зарянка: это написание было утверждено еще в 1974 году очередным изданием «Орфографического словаря русского языка», но до сих пор можно встретить словари и пособия, где предлагается запомнить «исключение» зорянка.

Очень жаль, что издательства, выпускающие подобные издания, не сверяются с современными словарями и справочниками. Ведь теперь работа орфографистов стала максимально открытой. Актуальные написания слов по-прежнему фиксирует академический орфографический словарь, такой словарь издается Институтом русского языка им. В. В. Виноградова РАН. Но в Институте созданы и регулярно обновляются электронные орфографические ресурсы: «Академос», «Орфографическое комментирование русского словаря». Обращение к ним помогает следить за ходом орфографической мысли и работой над созданием современного академического свода правил русской орфографии.

Вам поможет официальный сайт Гильдии лингвистов-экспертов по документационным и информационным спорам.