Слово подворье следует писать со строчной. Вы написали верно.
В данном случае необходимо использовать предлог «с», поскольку Мальта - это островное государство, и, выезжая с него, мы покидаем его территорию. Если же речь идет о выезде из города Мальта, то в этом случае используется предлог «из».
Правильно: с размером 2,5×3,5 метра.
Верно: со входящими. См.: dnu">http://gramota.ru/spravka/letters/?rub=kodnu
Корректно: здание Рейхстага (=Рейхстаг).
Такое сочетание корректно, но это не единственный возможный вариант (окончить школу - тоже верно).
Запятая нужна: Он не тот, с кем она обретёт счастье.
Сокращение шт. пишется с точкой. См.: Русский орфографический словарь РАН / Под ред. В. В. Лопатина, О. Е. Ивановой. – 4-е изд., испр. и доп. – М., 2012.
Правильно: музей-панорама «Сталинградская битва».
Сумма в скобках обычно пишется с большой буквы.