Обособление нужно.
Знаки препинания расставлены верно.
Запятую можно поставить или до слова потому, или после него. Выбор зависит от интонации: если на потому падает логическое ударение и после этого слова делается пауза, то запятая ставится на месте этой паузы (между потому и что). Если такой интонации нет, а логическое ударение падает на ушел, то запятая ставится перед потому что.
Да, запятую надо поставить.
Постановка запятой не требуется. Однако при изменении порядка слов возможно обособление (в этом случае интонационно и логически будет подчеркиваться значение причины): Организация, как не соответствующая требованиям... подлежит исключению...
К чему относится предлог: справка... из реестра или операции в реестре?
Оба варианта соответствуют норме.