Правило звучит так: в составных названиях важнейших документов и сборников документов, государственных законов, а также архитектурных и других памятников, предметов и произведений искусства с прописной буквы пишется первое слово и собственные имена. Но при этом начальное родовое наименование в подобных названиях архитектурных и других памятников, произведений искусства пишется со строчной буквы. Ср.: дворец Белосельских-Белозерских (дворец — родовое слово), но Дворец конгрессов, Дворец наций (Дворец — первое слово названия). Сложность как раз в том, чтобы определить границы имени собственного, не всегда это можно сделать легко и последовательно.

В приведенных Вами примерах корректно: палаццо Колонна, дворец Александра III в Массандре (ср.: Массандровский дворец), Арсенальная комната Царскосельского дворца (может, использовать современное название — Екатерининского?), парадная анфилада Царскосельского дворца, Малый Трианон, центральный вестибюль замка Шамбор, вилла «Черный лебедь», вилла «Ротонда». 

Сложнее всего, кажется, с названием д/Дом ф/Фавна. Возможно написание дом Фавна (тем более в ряду перечисления других домов  в Помпеях), но в условиях контекста может быть уместно использовать прописную как раз в первом слове, чтобы избежать модели «дом, принадлежащий...» и подчеркнуть, что речь идет о памятнике архитектуры.

Обстоятельство иногда в принципе может быть отнесено как к обеим частям, соединенным союзом да (здесь он имеет значение «и»), так и только к первой из них. Впрочем, во втором случае логично было бы ожидать в начале второй части какое-либо другое обстоятельство, например: Иногда над головой пролетала с пугливым кряканьем утка, да постоянно слышно было, как...

Спасибо Вам за внимательность! Расположение знака сноски в справочнике мы исправим. В § 29.7.9 "Справочника издателя и автора" А. Э. Мильчина и Л. К. Чельцовой указано: "Знаки сноски и выноски тех. правила требуют отбивать от предшествующего слова на 2 п. Составители тех. правил ввели, правда, одно исключение — без отбивки от закрывающих предшествующее слово кавычек. Это исключение продиктовано, вероятно, тем, что отбивка на 2 п. после кавычек слишком отдаляет знак сноски или выноски от предшествующего текста. От последующего текста в сноске или выноске техн. правила верстки требуют отбивать знаки сноски и выноски на полукегельную". 

Возможны варианты: В отделе "Кулинария" вы можете купить готовые блюда или В отделе кулинарии вы можете купить готовые блюда; стойка информации. 

Более высокоуровневый принцип — не может быть написано слитно или раздельно в зависимости от намерений автора выразить утверждение (слитное написание) или отрицание признака (раздельное написание).

Сочетания с наречиями меры и степени — один из типичных контекстов, в которых выражается утверждение, поэтому в таких случаях, как правило, не пишется слитно: крайне невразумительный ответ, довольно неудачный финал, достаточно непротиворечиво сформулировано, исключительно неблагоприятные обстоятельства.

Однако при ударении на отрицании сохраняется раздельное написание и в контексте наречий степени, например: абсолютно неинтересный фильм (утверждение) и абсолютно не интересный фильм (с логическим ударением на не — например, как возражение кому-либо, кто утверждает, что это интересный фильм).

Употребляется.

Большой толковый словарь