В данном случае при существительном опекун имеются поясняющие приложения, которые нужно обособить. Основным обособляющим знаком в середине предложения выступает запятая: Опекуну, директору дома-интерната Иванову Ивану Ивановичу, представить не позднее трех дней отчет. Для обособления приложения в конце предложения используется тире: Копию настоящего распоряжения направить опекуну — директору дома-интерната Иванову Ивану Ивановичу.

Маневровые локомотивы могут быть отнесены и приемосдатчикам, к ним же, приемосдатчикам, могут быть отнесены и составители поездов. Итак, можно установить самые разные синтаксические связи между словами в таком предложении и получить множество вариантов его толкования. Вероятно, маневровым локомотивам стоит посвятить отдельное предложение.

Благодарим Вас за транслитерацию. Но, увы, она не продвигает нас в лингвистических наблюдениях. Как употребляется это английское сочетание в русском языке, что обозначает, какие есть основания причислить англицизм к русским существительным среднего рода — эти вопросы тоже нуждаются в Ваших пояснениях.

Дефис ставить не нужно, так как его нет в сочетании имен (см. подобные сокращения в «Большой российской энциклопедии»). Если Вы предполагаете, что читатель может неверно воспринять инициалы, то при первом упоминании имени напишите его полностью.

Тире не требуется: едва ли предложение можно прочесть с паузой после союза если (см. параграф 6.5 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя).

Заглавная буква не нужна (ср. теория всемирного тяготения), кавычки могут быть оправданы контекстом, стилистическими факторами. 

В этом случае нет оснований игнорировать указанный Вами пункт правил, тем более что в качестве примера в нем приводится, среди прочих, название «двойной должности» директор – художественный руководитель (в сочетании обратиться к директору – художественному руководителю). Структура названия должности в Вашем случае аналогична структуре названия из этого примера. 

Приложение мастер экспериментов, находящееся перед именем собственным Дмитрий Хогварц, не обособляется (пункт 1 параграфа 63 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина). Правда, если автор логически выделит сочетание мастер экспериментов, а имя собственное сочтет попутным замечанием, то уже это имя собственное станет поясняющим обособленным приложением при сочетании мастер экспериментов (см. примечание к пункту 1 параграфа 63 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина). Соответственно, основным является вариант без обособления, а вариант с обособлением допустим, если автор хочет особенным образом расставить акценты в высказывании.

В словарях русского языка  и в справочных изданиях не отмечены какие-либо смысловые и стилистические различия сочетаний типа много хуже и намного хуже, много серьезнее и намного серьезнее, много выше и намного выше.

В любом случае вторая из двух указанных Вами запятых нужна: необходимо разделить части сложноподчиненного предложения. Что касается первой запятой, то здесь возможны варианты: в связи с тем что — сложный подчинительный союз, а в начале предложения такие союзы обычно не расчленяются; впрочем, если необходимо логически выделить первую часть союза, то его расчленение допустимо.