Правильно строчными: индонезийская виза. Прилагательные, образованные от географических названий, пишутся с большой буквы, если они являются частью составных наименований – географических и административно-территориальных, индивидуальных имен людей, названий исторических эпох и событий, учреждений, архитектурных и др. памятников, военных округов и фронтов. В остальных случаях они пишутся с маленькой буквы.

Словарь трудностей

Запятые не нужны. Имя ученика не несет на себе пояснительного оттенка значения, при котором оно должно обособляться. Ср. с примером из свода «Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник» (под ред. В. В. Лопатина. М., 2006): Четвертой бригады дежурный бригадир Зырянский дежурство по колонне принял.

Вы правы, это не аббревиатура, т. е. не сложносокращенное слово. Более того, как первая часть сложных слов изо- пишется строчными в сложных словах, таких как изостудия. Это усеченное слово, которое пишется строчными буквами (ср.: рация - радиостанция, кино - кинематограф, фото - фотография и т. д.). 

Сказуемое в книжно-письменных стилях (особенно в строгой официально-деловой речи) ставится в форме мужского рода, если оно предшествует сочетанию «название должности + собственное имя»: обратился арбитражный управляющий Иванова Ольга Николаевна. Ср.: арбитражный управляющий Иванова Ольга Николаевна обратилась... (сказуемое ставится в форме женского рода, если оно стоит после собственного имени).

Запятая в подобного рода конструкциях, состоящих из глагола быть, найти, остаться, вопросительно-относительного местоимения или наречия (кто, что, где, куда и др.) и неопределенной формы другого глагола, не ставится: есть на что посмотреть, есть к чему стремиться, не нашла что сказать, осталось на что жить и т. д.

Извините за неотвеченные вопросы!

В Вашем примере возможны оба варианта написания. С двумя Н следует писать краткое прилагательное, с одним Н - краткое причастие. Ср.: Недавно процессы были механизированы и компьютеризированы (их только недавно механизировали, компьютеризировали); Недавно процессы были механизированны и компьютеризированны (а теперь уже нет).

Словарной фиксации нет. Но по аналогии с другими названиями польских городов со второй частью Гура, зафиксированными в «Словаре собственных имен русского языка» Ф. Л. Агеенко, можно рекомендовать дефисное написание и несклонение первой части. Ср.:

Словарь имён собственных

1. В прилагательном жареный пишется одна Н, в причастии жаренный – две. Опознать причастие помогают зависимые слова, ср.: жареная картошка – жаренная на сковородке картошка.

2. Правильно: все-таки.

3. Прости и извини – синонимичные широкоупотребительные формы извинения, просьбы о прощении. Форма прости отличается большей употребительностью в сфере обиходно-разговорной речи.

Правило таково. При множественном числе соотносительного местоимения главного предложения (те, все и др.) сказуемое в придаточном предложении при подлежащем кто может иметь форму как единственного, так и множественного числа. Так что возможны варианты: те, кто живет в Кижах, знают и те, кто живут в Кижах, знают.