Правильно.
Сочетание при необходимости обычно не обособляется. Однако для смыслового выделения, попутного пояснения обособление возможно.
Запятая не нужна.
Однозначных рекомендаций на этот счет в справочной литературе не содержится, а в практике письма наблюдается разнобой. По-видимому, окончательное решение следует оставить за автором или редактором текста. Принимая решение, нужно учитывать, насколько удобен будет для читателя тот или иной формат выделения, не перегружен ли текст в целом кавычками и т. д. Скорее всего, в большинстве случаев написание в кавычках будет уместным, особенно если это текст справочного характера: «5» ставится, если...; оценка «5» ставится, если... В художественном тексте, возможно, стоит предпочесть словесный вариант.
Русское словесное ударение
При уточнении - нужна: Недавно я был у себя на родине, (а именно) в Перми.
Все слова среднего рода.
Вообще-то падеж не предложный, а винительный. Такова сложившаяся грамматическая норма, о ее формировании и современном состоянии можно прочитать на www.rusgram.narod.ru.
Выбор предлога зависит от контекста.