Приложение — это компонент, главная функция которого состоит в дополнительной характеристике определяемого слова. Эта дополнительная характеристика может носить уточняющий характер, может служить указанием на особую важность предмета в каком-либо отношении (старейшая газета России в Вашем примере), может называть классифицирующий признак предмета (летопись в Вашем примере) и др. Поэтому ориентироваться разумнее не на различные попытки вывести правила разграничения приложений и определяемых слов, которые содержатся в различных пособиях, но не охватывают и не могут охватить всего разнообразия смысловых и прочих отношений в конструкциях с приложениями, а на этот главный признак: то, что служит дополнительной характеристикой, и является приложением.

Как Вы уже поняли, никаких реальных ограничений на то, чтобы главное слово было собственным наименованием в кавычках, не существует. Безусловно, бывает, что такое название как раз и служит приложением (кафе «Березка»), но из этого нельзя выводить никакого правила.

Когда имеется обособление, решать, конечно, проще: в обоих Ваших примерах обособленные компоненты и являются приложениями.
 

Обе формы им.п. мн. ч. верны. 

Орфографический словарь

Большой толковый словарь

Вот подробная словарная рекомендация:

уголь, угля, углём; мн.угли, углей (вещество, используемое как топливо); состав с углём; топить углём

уголь, угля, углём; мн.угли, углей, углями, (на) углях и (устар.разг.) уголья, угольев (кусок пережжённого дерева);обжечься углём из костра; быть, сидеть как на угольях (на углях)

уголь, угля, углём; мн. угли,углей, углями (материал для рисования); портрет нарисован углём

Слова «тутовник» и «шелковица» являются синонимами, так как оба они обозначают один и тот же вид дерева - Morus nigra, которое также известно как «тутовое дерево» или «шелковичное дерево». Это дерево получило свое название из-за того, что его листья являются основным источником питания для шелкопряда, личинки которого используются в производстве шелка. В разных регионах России и странах СНГ это дерево могут называть по-разному: тутовник, шелковица, тютина.

Орфографический словарь

Большой толковый словарь

Русское словесное ударение

Возможны оба варианта. Можно рассматривать определения как неоднородные, так как они характеризуют предмет с разных сторон: возраст и внешний вид. Но при этом можно сказать, что старость проявляется в ряду прочего и во внешнем виде дерева, раскидистость может мыслиться как признак старости. В этом случае определения становятся однородными и разделяются запятой. Ср.: 

Понятно, что разговор складывался долгим и путаным: точь-в-точь старое раскидистое дерево, увитое плетями вьющихся растений да вдобавок покореженное вчерашним буреломом (А. Волос).

У Всеволода Андреевича за домом тянулись рядами старые, раскидистые яблони (Л. Карелин).

Запрета на сочетание глагола применять с существительным требование нет. Исходить нужно из того, какие значения имеет глагол применять/применить в современном русском языке. См.: ПРИМЕНЯТЬ, несов. (сов. применить), что. Использовать, потреблять (потребить) опыт, знания, какие-л. средства, прилагая, приспосабливая их для чего-л., с целью достижения каких-л. результатов, успеха и т.п. [impf. to apply (to), employ, use, put into use or operation; to exert, apply, use (strength, skill, etc.) to gain a desired result]. Этот клей применяют для склеивания изделий из дерева, ткани, кожи и бумаги. Теперь он мог применить свои знания на практике.

Да, тоже слитно.

Комментарии В. В. Набокова к пушкинскому "Евгению Онегину" были написаны на английском языке, так что слово скад встретилось Вам, верятно, в переводе Г. М. Дашевского: «Прилагательное пленительный, стоящее посредине стиха, легко ложится на музыку четырехстопного ямба со скадом на третьей стопе. Пленить и его производные — излюбленные слова поэтов-романтиков той поры. <…> Близкие синонимы — обольстительный и очаровательный. Наконец, по мере снижения "привлекательности" — прелестный, потом любезный (фр. aimable) и, наконец, милый».

В переводе А. В.Дранова, А. М. Зверева, В. А.Зорина, Т. Н. Красавченко, Т. М. Миллионщиковой, А. Н. Николюкина, Н. А. Панькова, Т. Г. Юрченко (М.: НПК “Интелвак”, 1999) этот фрагмент звучит так: «Прилагательное "пленительный" легко заполняет середину ямбического четырехстопника музыкой скольжения на третьем слоге. Слово "пленить" и его производные — типичные любимые словечки романтической поэзии того времени. Два близких синонима — "обольстительный" и "очаровательный". При самой слабой степени "тяготения" мы имеем "прелестный", "любезный", (фр. aimable) и "милый"». Иначе говоря, скад — это английское scud 'порыв, рывок'. Впрочем, иные примеры употребления слова *скад в русском тексте нам неизвестны. 

Ответы можно найти в окне «Искать на Грамоте», набрав, например, гре*а, индус* и т. д.