Дмитрий, словарная фиксация грекокатолический на нашем портале соответствует фиксации в печатном издании «Русского орфографического словаря», подготовленного Орфографической комиссией РАН. Слитное написание этого слова последовательно дано во всех изданиях словаря, начиная с первого (1999) и заканчивая четвертым (2012).

Иными словами, изменять написание этого слова должна не «Грамота.ру», а Орфографическая комиссия РАН (если для изменения будут какие-либо веские причины).

В тематической литературе аббревиатура ЦУТР (ЦУТР барона Штиглица) употребляется преимущественно в несклоняемой форме. Вместе с тем встречаются и варианты в ЦУТРе, ЦУТРа. Родовую отнесенность аббревиатуры показывают редкие сочетания типа бывшее ЦУТР. Что касается приведенного ряда аббревиатурных обозначений, то при выборе формы следует учесть стилистическую характеристику текста,  грамматические особенности предложения, в том числе возможность / предпочтительность формальной однотипности компонентов.

Да, в письменности некоторых языков морфемный (морфологический) принцип орфографии либо не действует, либо не является ведущим. Если говорить о языках с буквенно-звуковой письменностью, то, например, в белорусской и сербской орфографии ведущим является фонетический принцип, а в английской и французской — традиционный. Для некоторых языков, получивших буквенно-звуковую письменность в сравнительно недавнее время, четкие орфографические принципы не разработаны (например, в адыгейском письме).

Запятая здесь вполне уместна.

Авторы «Большого толкового словаря русского языка» сочли возможным дать вариант афёра как допустимый в разговорной речи. На наш взгляд, решение спорное. 

Корректно: содержащий, имеющий много нюансов.

НЮАНС, -а; м. [франц. nuance] Книжн. 1. Оттенок, едва заметный переход от одного к другому; тонкое различие в чём-л. (в цвете, звуке и т.п.). Нюансы красок. Н. в окраске двух стен. Музыкальный н. Нюансы интонации. Нюансы поведения. Психологический н. 2. Мелкая подробность чего-л., тонкость. Понимать нюансы рассказа.Вся суть в этом нюансе. Пожалуйста, без нюансов. <Нюансный, -ая, -ое. 

«Штука с завитушками» тоже называется подписью. В «Большом академическом словаре русского языка» (Т. 18. М., СПб., 2011) слову подпись дано более подробное толкование: собственноручно написанная фамилия под чем-либо (текстом, рисунком и т. п.) в подтверждение своего авторства или согласия с чем-либо; какой-либо псевдоним, знак, которым подписывают что-либо. Среди иллюстраций к толкованию есть такое предложение: Подпись, как говорят криминалисты, содержит в себе мало графического материала. Иногда это несколько закорючек, росчерков, мало напоминающих буквы (Р. Белкин).

В справочниках по правописанию не приводятся четкие правила написания названий пристаней. Справочник Д. Э. Розенталя «Прописная или строчная?» фиксирует: пристань Кинешма, пристань «Бухта радости». Из этого можно сделать вывод, что употребление кавычек зависит от того, соотносится ли название пристани с географическим названием (пристань Кинешма – пристань города Кинешмы), или же оно ближе к условному названию (пристань «Бухта радости»). Представляется, что название, о котором Вы спрашиваете, ближе к условному, т. е. можно провести аналогию с «Бухтой радости» и предложить написание пристань «Щучий проран».

Речь идет о разновидностях склонения – твердой и мягкой. Твердый вариант – слова с основой, заканчивающейся твердым согласным (например: девочк-а, стол, окн-о – согласные [к], [л], [н] твердые), мягкий вариант – слова с основой, заканчивающейся мягким согласным (земл-я, конь, мор-е – согласные [л'], [н'], [р'] мягкие). И в рамках первого склонения, и в рамках второго склонения есть твердый и мягкий вариант, ср.: девочка, земля – 1 склонение, стол, конь, окно, море – 2 склонение. Они имеют некоторые различия в окончаниях (Вы их указали), но всё равно объединяются в рамках одного типа склонения.

Запрета на сочетание глагола применять с существительным требование нет. Исходить нужно из того, какие значения имеет глагол применять/применить в современном русском языке. См.: ПРИМЕНЯТЬ, несов. (сов. применить), что. Использовать, потреблять (потребить) опыт, знания, какие-л. средства, прилагая, приспосабливая их для чего-л., с целью достижения каких-л. результатов, успеха и т.п. [impf. to apply (to), employ, use, put into use or operation; to exert, apply, use (strength, skill, etc.) to gain a desired result]. Этот клей применяют для склеивания изделий из дерева, ткани, кожи и бумаги. Теперь он мог применить свои знания на практике.