Перед однородными именными сказуемыми, соединенными двойным союзом не только... но и (здесь именно такой союз), ставится тире: Левитан — не только великолепный художник-пейзажист, но и талантливый наставник. Обратите внимание: сочетание художник-пейзажист пишется через дефис, который не отбивается пробелами.
Запятая не нужна, так как две однородные придаточные части связаны союзом не только..., но и...
Верен первый вариант.
В обоих случаях нужна частица НЕ.
Вам помогут правила С. Г. Бархударова «Правила русской орфографии и пунктуации». (параграф 48).