Запятая не нужна, если считать слова "за окнами" общими для обеих частей сложносочиненного предложения.
Пунктуация верна. Союз "и" в последнем примере повторять не нужно.
В принципе может быть вводным словом (и выделяться запятыми) и выступать в роли обстоятельства (и не выделяться запятыми). Постановка знаков препинания зависит от интонации и смысла.
После поэтому запятая нужна. Если слова как только возникла проблема относится к обеим следующим частям предложения, вторая указанная запятая не ставится. Если только к части церковь стала на него реагировать -- ставится.
Во второй версии ошибки исправлены.
"Справка" не выполняет домашних и тестовых заданий.